More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2110 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013525  Tter_1530  extracellular solute-binding protein family 5  56.2 
 
 		 656 aa  745    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2424  extracellular solute-binding protein  61.92 
 
 		 728 aa  854    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.935396 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2110  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 735 aa  1518    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3050  extracellular solute-binding protein  94.29 
 
 		 757 aa  1381    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0190244  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1927  extracellular solute-binding protein family 5  48.27 
 
 		 735 aa  695    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1805  extracellular solute-binding protein family 5  53.65 
 
 		 659 aa  713    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2113  extracellular solute-binding protein family 5  49.19 
 
 		 729 aa  687    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0309  extracellular solute-binding protein family 5  49.87 
 
 		 765 aa  743    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2808  extracellular solute-binding protein  60.95 
 
 		 727 aa  868    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1703  extracellular solute-binding protein family 5  32.52 
 
 		 638 aa  302  1e-80  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0293  extracellular solute-binding protein family 5  31.68 
 
 		 640 aa  279  1e-73  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.835457  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1687  extracellular solute-binding protein  30.73 
 
 		 664 aa  254  5.000000000000001e-66  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.789812  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0608  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 		 658 aa  250  6e-65  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0360846  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0622  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 		 658 aa  250  8e-65  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.16709  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1677  extracellular solute-binding protein  31 
 
 		 655 aa  248  3e-64  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224475  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0510  extracellular solute-binding protein  30.32 
 
 		 655 aa  243  7e-63  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00108617  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0500  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 		 643 aa  242  2e-62  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.464453  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5178  extracellular solute-binding protein family 5  33.54 
 
 		 645 aa  238  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758105  normal  0.361664 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5447  extracellular solute-binding protein family 5  33.54 
 
 		 645 aa  234  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390622 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2454  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 		 682 aa  233  1e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39331 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5515  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  32.6 
 
 		 633 aa  224  6e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0171495  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0868  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 657 aa  214  4.9999999999999996e-54  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0890  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 		 657 aa  214  4.9999999999999996e-54  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3683  extracellular solute-binding protein  29.54 
 
 		 639 aa  210  8e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.378617  normal  0.495229 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5255  extracellular solute-binding protein family 5  28.83 
 
 		 651 aa  207  8e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.313455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5555  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 642 aa  196  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.140103  normal  0.0740019 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5700  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.2 
 
 		 638 aa  195  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0714934  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3373  extracellular solute-binding protein family 5  27.7 
 
 		 641 aa  194  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0279191  normal  0.223354 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4593  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 		 633 aa  190  7e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.996188 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5971  extracellular solute-binding protein family 5  26.54 
 
 		 635 aa  189  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.989436  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7124  extracellular solute-binding protein family 5  26.56 
 
 		 635 aa  188  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104115  normal  0.2013 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7228  extracellular solute-binding protein family 5  28.25 
 
 		 664 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0309461  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2830  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 		 655 aa  177  6e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108136  normal  0.289716 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4483  twin-arginine translocation pathway signal  27.83 
 
 		 686 aa  176  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6476  extracellular solute-binding protein  28.16 
 
 		 643 aa  175  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.864629 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0595  extracellular solute-binding protein family 5  28.95 
 
 		 645 aa  171  4e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3160  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  24.96 
 
 		 679 aa  155  2.9999999999999998e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14300  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.62 
 
 		 671 aa  151  4e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.860083 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3931  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.29 
 
 		 626 aa  149  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2595  extracellular solute-binding protein family 5  26.35 
 
 		 589 aa  136  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.118312  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2592  extracellular solute-binding protein family 5  27.29 
 
 		 573 aa  136  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6877  extracellular solute-binding protein family 5  24.76 
 
 		 695 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0668794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5907  extracellular solute-binding protein family 5  24.35 
 
 		 696 aa  131  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4140  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 693 aa  127  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0860796  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1660  extracellular solute-binding protein family 5  26.74 
 
 		 589 aa  125  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.299882  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5120  ABC transporter substrate binding protein (alpha-galactoside)  27.95 
 
 		 695 aa  124  9e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0244807  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1326  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 587 aa  117  6e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000186412  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0639  extracellular solute-binding protein family 5  25.97 
 
 		 580 aa  117  8.999999999999998e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000307469  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1663  extracellular solute-binding protein family 5  24.35 
 
 		 578 aa  116  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0397427  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  26.56 
 
 		 607 aa  115  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  26.33 
 
 		 607 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2510  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 		 584 aa  111  5e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.543923  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1169  oligopeptide-binding protein of oligopeptide ABC transporter  24.75 
 
 		 587 aa  109  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4719  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 		 591 aa  107  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.42042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1832  extracellular solute-binding protein family 5  25.11 
 
 		 587 aa  104  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.315611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1810  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 		 595 aa  103  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1386  extracellular solute-binding protein  24.95 
 
 		 578 aa  100  9e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.37673  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1172  family 1 extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 		 594 aa  98.2  5e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1649  extracellular solute-binding protein family 5  24.04 
 
 		 584 aa  93.6  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0390  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 		 579 aa  93.6  1e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.9 
 
 		 534 aa  93.6  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0406  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 		 579 aa  93.2  1e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  24.61 
 
 		 531 aa  91.3  6e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.06 
 
 		 534 aa  90.5  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5370  extracellular solute-binding protein family 5  24.15 
 
 		 629 aa  90.5  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358498 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 		 536 aa  89  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  27.1 
 
 		 544 aa  89  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  24 
 
 		 597 aa  87.4  8e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  25.5 
 
 		 524 aa  87.4  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  21.98 
 
 		 631 aa  87  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1143  extracellular solute-binding protein family 5  23.47 
 
 		 577 aa  85.9  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0057674  normal  0.283725 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  25.72 
 
 		 544 aa  85.1  0.000000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  26.24 
 
 		 527 aa  85.1  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0067  extracellular solute-binding protein family 5  25.94 
 
 		 532 aa  84.7  0.000000000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1397  extracellular solute-binding protein family 5  26.27 
 
 		 567 aa  84.3  0.000000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.75572 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1367  extracellular solute-binding protein family 5  23.34 
 
 		 577 aa  83.2  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0090511  hitchhiker  0.000580883 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  24.4 
 
 		 528 aa  82.8  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  24.75 
 
 		 520 aa  83.2  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  24.26 
 
 		 524 aa  82  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0892  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 		 596 aa  80.9  0.00000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 		 529 aa  80.5  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.41 
 
 		 532 aa  80.1  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 		 544 aa  79.7  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  25.92 
 
 		 529 aa  79.7  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.06 
 
 		 539 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  23.25 
 
 		 525 aa  79.3  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  24.07 
 
 		 542 aa  79.3  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  22.65 
 
 		 627 aa  79  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1605  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 		 595 aa  79.3  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1356  extracellular solute-binding protein family 5  24.88 
 
 		 596 aa  77.8  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  22.82 
 
 		 534 aa  77.4  0.0000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  23.06 
 
 		 533 aa  77.4  0.0000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2749  extracellular solute-binding protein family 5  21.45 
 
 		 645 aa  77  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.655087  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 		 538 aa  77  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  25.86 
 
 		 529 aa  76.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1564  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 		 578 aa  76.6  0.000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00697686  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.51 
 
 		 531 aa  74.7  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  22.47 
 
 		 551 aa  73.6  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  24.51 
 
 		 533 aa  73.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 		 535 aa  73.6  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>