More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3050 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013526  Tter_1927  extracellular solute-binding protein family 5  47.02 
 
 
735 aa  688    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2808  extracellular solute-binding protein  60.78 
 
 
727 aa  863    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2424  extracellular solute-binding protein  61.17 
 
 
728 aa  848    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.935396 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3050  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
757 aa  1565    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0190244  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2113  extracellular solute-binding protein family 5  49.46 
 
 
729 aa  688    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1530  extracellular solute-binding protein family 5  56.04 
 
 
656 aa  741    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0309  extracellular solute-binding protein family 5  49.17 
 
 
765 aa  738    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1805  extracellular solute-binding protein family 5  53.12 
 
 
659 aa  707    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2110  extracellular solute-binding protein  93.48 
 
 
735 aa  1389    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233193  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1703  extracellular solute-binding protein family 5  32.67 
 
 
638 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0293  extracellular solute-binding protein family 5  31.11 
 
 
640 aa  278  3e-73  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.835457  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0608  extracellular solute-binding protein  31.78 
 
 
658 aa  254  4.0000000000000004e-66  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0360846  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0622  extracellular solute-binding protein  31.78 
 
 
658 aa  254  5.000000000000001e-66  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.16709  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1687  extracellular solute-binding protein  31.55 
 
 
664 aa  254  5.000000000000001e-66  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.789812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0500  extracellular solute-binding protein  29.59 
 
 
643 aa  245  1.9999999999999999e-63  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.464453  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1677  extracellular solute-binding protein  30.85 
 
 
655 aa  245  1.9999999999999999e-63  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224475  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0510  extracellular solute-binding protein  31.35 
 
 
655 aa  243  7.999999999999999e-63  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00108617  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2454  extracellular solute-binding protein  30.65 
 
 
682 aa  242  2e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.39331 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5178  extracellular solute-binding protein family 5  29.58 
 
 
645 aa  235  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758105  normal  0.361664 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5447  extracellular solute-binding protein family 5  29.58 
 
 
645 aa  231  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00390622 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5515  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  32.8 
 
 
633 aa  225  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0171495  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0868  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 
657 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0890  extracellular solute-binding protein  31.5 
 
 
657 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3683  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 
639 aa  214  3.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.378617  normal  0.495229 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5255  extracellular solute-binding protein family 5  28.95 
 
 
651 aa  204  4e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.313455  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5555  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 
642 aa  197  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.140103  normal  0.0740019 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3373  extracellular solute-binding protein family 5  27.84 
 
 
641 aa  195  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0279191  normal  0.223354 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5700  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.47 
 
 
638 aa  189  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0714934  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4593  extracellular solute-binding protein  28.06 
 
 
633 aa  187  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.996188 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4483  twin-arginine translocation pathway signal  28.84 
 
 
686 aa  184  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5971  extracellular solute-binding protein family 5  25.76 
 
 
635 aa  182  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.989436  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7124  extracellular solute-binding protein family 5  25.83 
 
 
635 aa  182  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104115  normal  0.2013 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2830  extracellular solute-binding protein  26.93 
 
 
655 aa  180  8e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108136  normal  0.289716 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7228  extracellular solute-binding protein family 5  27.98 
 
 
664 aa  180  9e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0309461  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0595  extracellular solute-binding protein family 5  30.2 
 
 
645 aa  176  9.999999999999999e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6476  extracellular solute-binding protein  27.93 
 
 
643 aa  175  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.864629 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3160  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  25.65 
 
 
679 aa  157  5.0000000000000005e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14300  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.97 
 
 
671 aa  152  2e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.860083 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3931  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  24.86 
 
 
626 aa  147  8.000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2595  extracellular solute-binding protein family 5  26.35 
 
 
589 aa  138  5e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.118312  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2592  extracellular solute-binding protein family 5  26.89 
 
 
573 aa  133  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6877  extracellular solute-binding protein family 5  26.1 
 
 
695 aa  131  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0668794  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4140  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 
693 aa  130  7.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0860796  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5907  extracellular solute-binding protein family 5  24.63 
 
 
696 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1660  extracellular solute-binding protein family 5  27.17 
 
 
589 aa  124  6e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.299882  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0639  extracellular solute-binding protein family 5  26.23 
 
 
580 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000307469  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5120  ABC transporter substrate binding protein (alpha-galactoside)  28.1 
 
 
695 aa  119  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0244807  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1326  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 
587 aa  118  3.9999999999999997e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000186412  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1663  extracellular solute-binding protein family 5  23.74 
 
 
578 aa  113  1.0000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0397427  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2510  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 
584 aa  111  5e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.543923  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  26.32 
 
 
607 aa  111  6e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4719  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 
591 aa  110  7.000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.42042  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  26.09 
 
 
607 aa  108  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1832  extracellular solute-binding protein family 5  25.57 
 
 
587 aa  107  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.315611  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1810  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 
595 aa  104  5e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1169  oligopeptide-binding protein of oligopeptide ABC transporter  23.65 
 
 
587 aa  104  7e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.317639  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1386  extracellular solute-binding protein  27.01 
 
 
578 aa  103  1e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.37673  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1172  family 1 extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 
594 aa  100  1e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26 
 
 
534 aa  97.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0406  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 
579 aa  95.5  3e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0390  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 
579 aa  95.1  5e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.86 
 
 
534 aa  94  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1649  extracellular solute-binding protein family 5  24.28 
 
 
584 aa  92.8  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5370  extracellular solute-binding protein family 5  23.97 
 
 
629 aa  90.1  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.358498 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  27.02 
 
 
544 aa  89.7  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  24.8 
 
 
531 aa  89.7  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  24.37 
 
 
525 aa  87.4  8e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1143  extracellular solute-binding protein family 5  23.72 
 
 
577 aa  86.7  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0057674  normal  0.283725 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  26.03 
 
 
544 aa  86.3  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1367  extracellular solute-binding protein family 5  23.34 
 
 
577 aa  84.7  0.000000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0090511  hitchhiker  0.000580883 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  25.25 
 
 
524 aa  84  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 
536 aa  83.6  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  24.63 
 
 
520 aa  83.6  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1397  extracellular solute-binding protein family 5  25.93 
 
 
567 aa  82.8  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.75572 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  25.67 
 
 
527 aa  82  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  23.82 
 
 
542 aa  82  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 
544 aa  81.3  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.67 
 
 
539 aa  81.3  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  22.89 
 
 
627 aa  81.3  0.00000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  24.72 
 
 
524 aa  81.3  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.7 
 
 
532 aa  81.3  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 
564 aa  80.1  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0067  extracellular solute-binding protein family 5  23.88 
 
 
532 aa  80.1  0.0000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  24.21 
 
 
528 aa  80.1  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  22.5 
 
 
597 aa  79.7  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1356  extracellular solute-binding protein family 5  23.73 
 
 
596 aa  79.3  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0892  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 
596 aa  79  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  21.39 
 
 
631 aa  78.6  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1564  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 
578 aa  78.6  0.0000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00697686  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  25.07 
 
 
533 aa  76.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  25.25 
 
 
529 aa  74.7  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 
538 aa  74.7  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 
529 aa  74.7  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2749  extracellular solute-binding protein family 5  21.11 
 
 
645 aa  74.7  0.000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.655087  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.26 
 
 
531 aa  75.1  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  25.3 
 
 
529 aa  74.7  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 
526 aa  74.3  0.000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  23.01 
 
 
532 aa  73.6  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  22.96 
 
 
522 aa  73.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  23.16 
 
 
541 aa  72.8  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>