More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5700 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5700  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  100 
 
 		 638 aa  1315    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0714934  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5447  extracellular solute-binding protein family 5  40.22 
 
 		 645 aa  503  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390622 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5178  extracellular solute-binding protein family 5  39.94 
 
 		 645 aa  502  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758105  normal  0.361664 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5255  extracellular solute-binding protein family 5  37.01 
 
 		 651 aa  453  1.0000000000000001e-126  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.313455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5555  extracellular solute-binding protein  38.21 
 
 		 642 aa  434  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.140103  normal  0.0740019 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3373  extracellular solute-binding protein family 5  38.63 
 
 		 641 aa  411  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0279191  normal  0.223354 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14300  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  35.5 
 
 		 671 aa  399  9.999999999999999e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.860083 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0868  extracellular solute-binding protein  33.86 
 
 		 657 aa  335  1e-90  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1687  extracellular solute-binding protein  32.72 
 
 		 664 aa  333  5e-90  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.789812  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1677  extracellular solute-binding protein  31.83 
 
 		 655 aa  330  3e-89  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224475  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0890  extracellular solute-binding protein  33.91 
 
 		 657 aa  324  4e-87  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0293  extracellular solute-binding protein family 5  32.18 
 
 		 640 aa  315  9.999999999999999e-85  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.835457  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0608  extracellular solute-binding protein  31.42 
 
 		 658 aa  309  1.0000000000000001e-82  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0360846  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1703  extracellular solute-binding protein family 5  33.92 
 
 		 638 aa  309  1.0000000000000001e-82  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0622  extracellular solute-binding protein  31.42 
 
 		 658 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.16709  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0510  extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 		 655 aa  300  4e-80  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00108617  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0500  extracellular solute-binding protein  31.62 
 
 		 643 aa  298  2e-79  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.464453  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2454  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 682 aa  290  5.0000000000000004e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39331 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5515  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.79 
 
 		 633 aa  258  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0171495  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4483  twin-arginine translocation pathway signal  30.24 
 
 		 686 aa  252  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4593  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 		 633 aa  234  4.0000000000000004e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.996188 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0309  extracellular solute-binding protein family 5  30.01 
 
 		 765 aa  228  3e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0595  extracellular solute-binding protein family 5  30.6 
 
 		 645 aa  227  6e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7124  extracellular solute-binding protein family 5  29.57 
 
 		 635 aa  224  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104115  normal  0.2013 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5971  extracellular solute-binding protein family 5  28.88 
 
 		 635 aa  219  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.989436  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1927  extracellular solute-binding protein family 5  28.3 
 
 		 735 aa  210  7e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2808  extracellular solute-binding protein  29.99 
 
 		 727 aa  206  1e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3931  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.3 
 
 		 626 aa  206  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7228  extracellular solute-binding protein family 5  30.19 
 
 		 664 aa  204  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0309461  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1805  extracellular solute-binding protein family 5  27.41 
 
 		 659 aa  204  6e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3160  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  31.25 
 
 		 679 aa  203  7e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2424  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 		 728 aa  203  9.999999999999999e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.935396 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1530  extracellular solute-binding protein family 5  28.22 
 
 		 656 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2113  extracellular solute-binding protein family 5  27.06 
 
 		 729 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2110  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 		 735 aa  195  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6476  extracellular solute-binding protein  28.86 
 
 		 643 aa  193  8e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.864629 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3050  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 		 757 aa  189  9e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0190244  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3683  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 639 aa  183  1e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.378617  normal  0.495229 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2830  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 		 655 aa  154  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108136  normal  0.289716 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2592  extracellular solute-binding protein family 5  28.32 
 
 		 573 aa  140  4.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1660  extracellular solute-binding protein family 5  26.37 
 
 		 589 aa  121  3.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.299882  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2510  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 		 584 aa  121  4.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.543923  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1649  extracellular solute-binding protein family 5  28.35 
 
 		 584 aa  120  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2595  extracellular solute-binding protein family 5  26.28 
 
 		 589 aa  117  6e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.118312  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1663  extracellular solute-binding protein family 5  24.9 
 
 		 578 aa  117  6e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0397427  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0639  extracellular solute-binding protein family 5  25.75 
 
 		 580 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000307469  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4140  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 		 693 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0860796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4719  extracellular solute-binding protein  25.72 
 
 		 591 aa  115  3e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.42042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6684  extracellular solute-binding protein family 5  26.83 
 
 		 548 aa  113  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.146405  normal  0.692475 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6877  extracellular solute-binding protein family 5  24.73 
 
 		 695 aa  110  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0668794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  27.69 
 
 		 607 aa  110  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5907  extracellular solute-binding protein family 5  24.18 
 
 		 696 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1810  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 595 aa  107  6e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5780  extracellular solute-binding protein family 5  26.6 
 
 		 548 aa  107  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0222518  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1344  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 		 638 aa  107  8e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.439366 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  27.44 
 
 		 607 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1326  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 		 587 aa  105  4e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000186412  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1386  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 		 578 aa  103  1e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.37673  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0390  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 		 579 aa  101  4e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0406  extracellular solute-binding protein  28.04 
 
 		 579 aa  100  9e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5120  ABC transporter substrate binding protein (alpha-galactoside)  25.16 
 
 		 695 aa  99.8  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0244807  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1172  family 1 extracellular solute-binding protein  22.8 
 
 		 594 aa  99.4  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0545  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  23.05 
 
 		 545 aa  98.2  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000683285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1832  extracellular solute-binding protein family 5  23.36 
 
 		 587 aa  96.7  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.315611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1143  extracellular solute-binding protein family 5  25.74 
 
 		 577 aa  95.5  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0057674  normal  0.283725 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  26.76 
 
 		 560 aa  94.7  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5668  extracellular solute-binding protein family 5  25.9 
 
 		 557 aa  94.7  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  22.98 
 
 		 536 aa  92  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1564  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 578 aa  90.5  9e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00697686  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0930  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  24.77 
 
 		 588 aa  88.2  4e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.476779  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1367  extracellular solute-binding protein family 5  24.77 
 
 		 577 aa  88.6  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0090511  hitchhiker  0.000580883 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1398  extracellular solute-binding protein family 5  23.65 
 
 		 562 aa  87.8  6e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.986828  normal  0.969327 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  22.35 
 
 		 627 aa  87  9e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3798  extracellular solute-binding protein family 5  25.36 
 
 		 557 aa  86.7  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1182  extracellular solute-binding protein family 5  26.42 
 
 		 581 aa  86.3  0.000000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  25.75 
 
 		 535 aa  85.9  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  26.18 
 
 		 524 aa  86.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1169  oligopeptide-binding protein of oligopeptide ABC transporter  24.36 
 
 		 587 aa  84.7  0.000000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4236  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 		 530 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.978762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58350  putative binding protein component of ABC transpor  24.14 
 
 		 537 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1615  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  22.15 
 
 		 587 aa  82  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0841  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 531 aa  81.3  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.960995  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0567  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.35 
 
 		 592 aa  80.9  0.00000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4559  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  23.35 
 
 		 530 aa  80.5  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5370  extracellular solute-binding protein family 5  25.46 
 
 		 629 aa  80.5  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358498 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5114  ABC transporter periplasmic binding protein  24.33 
 
 		 533 aa  80.5  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  25.51 
 
 		 546 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 546 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5110  ABC transporter periplasmic binding protein  24.59 
 
 		 537 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.321263  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 546 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2749  extracellular solute-binding protein family 5  23.66 
 
 		 645 aa  79.7  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.655087  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0815  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 		 532 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.17042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2555  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, oligopeptide/dipeptide-binding protein  23.46 
 
 		 580 aa  79  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  21.5 
 
 		 516 aa  78.6  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2258  solute-binding family 5 protein  23.46 
 
 		 579 aa  79  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  24.22 
 
 		 564 aa  78.2  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  24.26 
 
 		 551 aa  78.2  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2745  extracellular solute-binding protein  22.97 
 
 		 551 aa  77.4  0.0000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58390  putative binding protein component of ABC transpor  23.84 
 
 		 533 aa  77  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.42 
 
 		 575 aa  77  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>