More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4559 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008836  BMA10229_A2121  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  59.92 
 
 
536 aa  646    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.443402  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0884  dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  74.14 
 
 
530 aa  810    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0511525  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0885  dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  69.39 
 
 
541 aa  772    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.575043  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3754  extracellular solute-binding protein family 5  60.12 
 
 
542 aa  657    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.884226 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0923  extracellular solute-binding protein  74.52 
 
 
530 aa  815    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3040  extracellular solute-binding protein  57.65 
 
 
542 aa  638    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.607327 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0928  extracellular solute-binding protein  69.01 
 
 
541 aa  770    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4557  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  65.37 
 
 
535 aa  722    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4558  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein, putative  67.62 
 
 
540 aa  755    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.44901  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4559  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  100 
 
 
530 aa  1107    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0927  extracellular solute-binding protein  74.05 
 
 
530 aa  815    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3301  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  59.92 
 
 
542 aa  645    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2969  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  59.92 
 
 
542 aa  645    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4234  extracellular solute-binding protein  65.18 
 
 
535 aa  728    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4235  extracellular solute-binding protein  67.3 
 
 
542 aa  756    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4236  extracellular solute-binding protein  94.53 
 
 
530 aa  1056    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.978762  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0437  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  59.92 
 
 
574 aa  644    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.217985  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3064  extracellular solute-binding protein  57.28 
 
 
542 aa  639    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.150422 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3378  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  59.92 
 
 
542 aa  645    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0815  extracellular solute-binding protein  74.13 
 
 
532 aa  808    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.17042  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0816  extracellular solute-binding protein  62.43 
 
 
533 aa  705    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0924  extracellular solute-binding protein  69.39 
 
 
541 aa  771    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6392  ABC oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  57.46 
 
 
542 aa  635    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.740754 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0845  extracellular solute-binding protein  68.11 
 
 
532 aa  760    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0220  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  57.73 
 
 
542 aa  647    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63568  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0841  extracellular solute-binding protein  70.41 
 
 
531 aa  780    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.960995  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0243  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein DppA  59.92 
 
 
542 aa  644    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0181  ABC dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  59.6 
 
 
547 aa  650    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0182  ABC dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  59.52 
 
 
542 aa  652    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4294  extracellular solute-binding protein  73.4 
 
 
530 aa  816    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.502669  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2915  extracellular solute-binding protein  56.62 
 
 
547 aa  647    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0256  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein DppA  59.92 
 
 
542 aa  644    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5110  ABC transporter periplasmic binding protein  69 
 
 
537 aa  773    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.321263  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2914  extracellular solute-binding protein  60.71 
 
 
543 aa  664    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2431  extracellular solute-binding protein  57.28 
 
 
542 aa  639    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5114  ABC transporter periplasmic binding protein  67.55 
 
 
533 aa  761    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3090  extracellular solute-binding protein  56.72 
 
 
542 aa  635    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58350  putative binding protein component of ABC transpor  69.38 
 
 
537 aa  776    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58390  putative binding protein component of ABC transpor  67.55 
 
 
533 aa  764    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3755  extracellular solute-binding protein family 5  59.41 
 
 
547 aa  646    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3045  extracellular solute-binding protein  57.28 
 
 
542 aa  639    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4293  extracellular solute-binding protein  69.2 
 
 
541 aa  771    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.5263  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2956  extracellular solute-binding protein  56.53 
 
 
542 aa  634  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  53.3 
 
 
535 aa  592  1e-168  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3508  extracellular solute-binding protein  55.16 
 
 
553 aa  593  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00360798 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1526  extracellular solute-binding protein  53.21 
 
 
544 aa  590  1e-167  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4350  extracellular solute-binding protein  55.75 
 
 
553 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.801154  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4016  extracellular solute-binding protein  55.75 
 
 
553 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  53.31 
 
 
535 aa  590  1e-167  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3923  extracellular solute-binding protein  55.03 
 
 
528 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00333304  normal  0.449349 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  53.08 
 
 
535 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  53.08 
 
 
535 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  52.73 
 
 
535 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  53.08 
 
 
535 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2067  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  54.24 
 
 
553 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110283  normal  0.976863 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  53.27 
 
 
535 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  53.08 
 
 
535 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  53.08 
 
 
535 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3416  extracellular solute-binding protein  55.03 
 
 
528 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.680015 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  53.08 
 
 
535 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  53.08 
 
 
535 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  53.12 
 
 
535 aa  579  1e-164  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0088  4-phytase  51.79 
 
 
535 aa  576  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.534677  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0138  extracellular solute-binding protein  52.35 
 
 
535 aa  577  1.0000000000000001e-163  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4568  extracellular solute-binding protein  54.06 
 
 
553 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4075  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  51.79 
 
 
535 aa  576  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4056  periplasmic dipeptide transport protein  51.79 
 
 
535 aa  576  1.0000000000000001e-163  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  52.59 
 
 
526 aa  571  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  52.59 
 
 
526 aa  571  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  52.59 
 
 
526 aa  571  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0759  extracellular solute-binding protein  53.44 
 
 
547 aa  571  1e-161  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0395598 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  52.59 
 
 
526 aa  571  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  52.59 
 
 
526 aa  571  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  51.21 
 
 
535 aa  558  1e-158  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2356  extracellular solute-binding protein  50.28 
 
 
529 aa  556  1e-157  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.458822  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2505  extracellular solute-binding protein family 5  50.57 
 
 
531 aa  552  1e-156  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3431  extracellular solute-binding protein  50.38 
 
 
531 aa  550  1e-155  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000878954 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  49.81 
 
 
530 aa  550  1e-155  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  52.46 
 
 
531 aa  544  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1531  extracellular solute-binding protein family 5  49.34 
 
 
531 aa  543  1e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  52.37 
 
 
532 aa  543  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2930  extracellular solute-binding protein family 5  49.72 
 
 
531 aa  544  1e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.892948  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  51.66 
 
 
538 aa  539  9.999999999999999e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2411  extracellular solute-binding protein family 5  50.69 
 
 
531 aa  537  1e-151  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.334082  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1582  extracellular solute-binding protein  51.37 
 
 
531 aa  525  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.264898  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  48.81 
 
 
506 aa  524  1e-147  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3969  extracellular solute-binding protein  49.51 
 
 
532 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3231  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  49.51 
 
 
532 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.704667  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0399  extracellular solute-binding protein family 5  48.92 
 
 
546 aa  517  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  49.22 
 
 
532 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0329  extracellular solute-binding protein  49.32 
 
 
531 aa  514  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.889875  normal  0.0616043 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0422  extracellular solute-binding protein family 5  47.28 
 
 
531 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00166095  hitchhiker  0.00221721 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2816  extracellular solute-binding protein  48.93 
 
 
545 aa  510  1e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.54552  normal  0.0589435 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4405  extracellular solute-binding protein  48.24 
 
 
532 aa  508  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0067  extracellular solute-binding protein  47.83 
 
 
542 aa  511  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0390  extracellular solute-binding protein family 5  47.28 
 
 
531 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18086  normal  0.296586 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0813  extracellular solute-binding protein  47.65 
 
 
531 aa  501  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125368  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1949  extracellular solute-binding protein  48.51 
 
 
542 aa  499  1e-140  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0969647  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  48.63 
 
 
531 aa  495  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  48.92 
 
 
533 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>