More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0093 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0093  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
604 aa  1212    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0197  extracellular solute-binding protein  80.3 
 
 
605 aa  931    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.386701  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2944  extracellular solute-binding protein family 5  49.33 
 
 
587 aa  556  1e-157  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0305195 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3496  extracellular solute-binding protein  42.29 
 
 
590 aa  459  9.999999999999999e-129  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3501  extracellular solute-binding protein  30.78 
 
 
639 aa  268  2e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000268642  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2657  extracellular solute-binding protein  30.24 
 
 
617 aa  249  9e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000297428  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  28.55 
 
 
540 aa  182  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2361  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  35.07 
 
 
445 aa  172  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0243915 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.73 
 
 
556 aa  163  7e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0413  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  35.61 
 
 
653 aa  163  8.000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.457116  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3074  extracellular solute-binding protein family 5  29.81 
 
 
621 aa  160  5e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000149398  normal  0.300897 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1058  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  34.47 
 
 
653 aa  159  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0872  extracellular solute-binding protein  29.35 
 
 
541 aa  159  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00426332  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3058  extracellular solute-binding protein family 5  29.8 
 
 
554 aa  152  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000104524 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  28.82 
 
 
576 aa  152  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 
559 aa  147  4.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2731  extracellular solute-binding protein family 5  26.94 
 
 
622 aa  147  7.0000000000000006e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  30.07 
 
 
565 aa  146  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  28.2 
 
 
538 aa  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  28.76 
 
 
533 aa  144  3e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  28.34 
 
 
546 aa  144  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 
540 aa  145  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2277  extracellular solute-binding protein family 5  25.95 
 
 
615 aa  144  6e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00527261  decreased coverage  0.000000000210766 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  24.13 
 
 
581 aa  144  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  27.31 
 
 
534 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0520  extracellular solute-binding protein family 5  26.99 
 
 
545 aa  142  1.9999999999999998e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1273  extracellular solute-binding protein family 5  23.79 
 
 
593 aa  140  7.999999999999999e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.83 
 
 
538 aa  139  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 
588 aa  137  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  28.14 
 
 
551 aa  137  6.0000000000000005e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 
539 aa  136  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  23.31 
 
 
529 aa  134  6.999999999999999e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2270  extracellular solute-binding protein family 5  22.32 
 
 
580 aa  133  9e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2321  extracellular solute-binding protein family 5  22.32 
 
 
580 aa  133  9e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.815964 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  22.71 
 
 
528 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  22.71 
 
 
528 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0551  extracellular solute-binding protein  23.47 
 
 
591 aa  131  3e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.13 
 
 
529 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0724  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.56 
 
 
593 aa  130  6e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.13 
 
 
528 aa  130  6e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0725  extracellular solute-binding protein  28.6 
 
 
556 aa  130  7.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.13 
 
 
528 aa  130  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.49 
 
 
528 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.49 
 
 
528 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.71 
 
 
529 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0566  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.38 
 
 
593 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 
526 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0585  extracellular solute-binding protein family 5  26.36 
 
 
628 aa  128  3e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.952367  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0324  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 
586 aa  128  3e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000261589  hitchhiker  0.0038707 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1356  extracellular solute-binding protein family 5  27.29 
 
 
596 aa  128  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0570  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 
591 aa  127  5e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0567  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.29 
 
 
592 aa  127  7e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0320  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 
556 aa  127  8.000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.144423 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0713  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.56 
 
 
593 aa  127  9e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00303874 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0623  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  23.56 
 
 
593 aa  127  9e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0656  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  23.56 
 
 
593 aa  127  9e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2798  extracellular solute-binding protein family 5  25.33 
 
 
557 aa  125  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0785  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.32 
 
 
593 aa  125  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0892  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 
596 aa  124  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2258  solute-binding family 5 protein  24.47 
 
 
579 aa  122  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2555  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, oligopeptide/dipeptide-binding protein  24.47 
 
 
580 aa  121  3.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  28.13 
 
 
563 aa  120  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08460  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.05 
 
 
579 aa  120  6e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  29.16 
 
 
544 aa  120  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2203  extracellular solute-binding protein family 5  27.99 
 
 
531 aa  120  7e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0247328 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  25.42 
 
 
562 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1621  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.04 
 
 
594 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.57 
 
 
511 aa  118  1.9999999999999998e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1344  extracellular solute-binding protein  23.67 
 
 
638 aa  118  3.9999999999999997e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.439366 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1367  extracellular solute-binding protein family 5  26.16 
 
 
577 aa  117  8.999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0090511  hitchhiker  0.000580883 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, peptide-binding protein  23.26 
 
 
531 aa  116  1.0000000000000001e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0104885  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4683  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 
564 aa  116  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1494  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 
526 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.69615 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0510  extracellular solute-binding protein  25.39 
 
 
510 aa  115  3e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0306064  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6955  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  24.19 
 
 
597 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0409  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.88 
 
 
527 aa  114  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0352  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.88 
 
 
527 aa  114  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0477  extracellular solute-binding protein family 5  23.35 
 
 
573 aa  112  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  24.28 
 
 
524 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4579  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 
596 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1410  extracellular solute-binding protein family 5  25.93 
 
 
615 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4682  extracellular solute-binding protein family 5  26.51 
 
 
532 aa  112  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0482  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 
531 aa  112  3e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0312851  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  22.42 
 
 
555 aa  111  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0602  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 
545 aa  110  6e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.497567  hitchhiker  0.000000266408 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 
508 aa  110  7.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58360  putative binding protein component of ABC transpor  25.93 
 
 
532 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1116  extracellular solute-binding protein family 5  25.4 
 
 
592 aa  110  9.000000000000001e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4796  extracellular solute-binding protein family 5  25.49 
 
 
532 aa  110  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.478428  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1270  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.38 
 
 
542 aa  109  1e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.593504  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1649  extracellular solute-binding protein family 5  23.85 
 
 
584 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 
528 aa  109  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1494  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.67 
 
 
543 aa  108  2e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0931394  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  22.55 
 
 
510 aa  108  3e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0608  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 
566 aa  108  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0639  extracellular solute-binding protein family 5  23.04 
 
 
580 aa  107  4e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000307469  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3294  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 
573 aa  108  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.207016 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1284  extracellular solute-binding protein  25.67 
 
 
543 aa  107  4e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5111  ABC transporter periplasmic binding protein  25.49 
 
 
532 aa  107  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.914948  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0422  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 
525 aa  107  6e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>