More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3498 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_3498  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  100 
 
 
586 aa  1206    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4041  extracellular solute-binding protein family 5  30.09 
 
 
543 aa  232  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.457031  normal  0.172562 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  30.87 
 
 
544 aa  231  2e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  31.34 
 
 
544 aa  231  4e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1498  hypothetical protein  27.95 
 
 
586 aa  191  4e-47  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1502  hypothetical protein  27.95 
 
 
586 aa  191  4e-47  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09061  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, peptide-binding protein  27.07 
 
 
538 aa  189  1e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.593779  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3535  extracellular solute-binding protein family 5  25.83 
 
 
544 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269906  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2012  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  28.16 
 
 
545 aa  168  2.9999999999999998e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0486  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 
542 aa  167  4e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.410451 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  26.29 
 
 
520 aa  164  5.0000000000000005e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2028  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein  25.67 
 
 
544 aa  162  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593092  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  25.42 
 
 
534 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0699  extracellular solute-binding protein family 5  28.32 
 
 
590 aa  154  5.9999999999999996e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0547  extracellular solute-binding protein  24.33 
 
 
531 aa  153  8e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2592  extracellular solute-binding protein family 5  26.92 
 
 
573 aa  152  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  24.95 
 
 
565 aa  151  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  24.71 
 
 
532 aa  152  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0573  oligopeptide-binding protein, putative  24.67 
 
 
530 aa  151  3e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  26.03 
 
 
520 aa  150  7e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 
528 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0252  oligopeptide ABC transporter periplasmic protein  27.29 
 
 
546 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.213679  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1954  extracellular solute-binding protein family 5  26.5 
 
 
547 aa  147  7.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2195  extracellular solute-binding protein family 5  26.94 
 
 
547 aa  146  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.337162  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_512  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, periplasmic component  24 
 
 
530 aa  145  3e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.135113  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  25.62 
 
 
540 aa  144  4e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  26.92 
 
 
524 aa  144  4e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0067  extracellular solute-binding protein family 5  26.16 
 
 
532 aa  144  4e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  25.31 
 
 
541 aa  144  6e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  25 
 
 
535 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 
540 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0044  extracellular solute-binding protein family 5  26.48 
 
 
538 aa  140  6e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1897  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  25.9 
 
 
558 aa  140  8.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.340522  normal  0.197408 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0565  oligopeptide ABC transporter periplasmic protein  25.93 
 
 
546 aa  138  2e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48060  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 
525 aa  139  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01217  oligopeptide transporter subunit  25.71 
 
 
543 aa  138  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.584763  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1729  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  25.71 
 
 
558 aa  138  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.654548  normal  0.238122 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1391  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  25.71 
 
 
543 aa  138  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768286  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2914  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 
543 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01227  hypothetical protein  25.71 
 
 
543 aa  138  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.595865  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2385  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 
558 aa  138  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190524  hitchhiker  0.0000021243 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1352  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  25.71 
 
 
543 aa  138  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0153639  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0418  extracellular solute-binding protein family 5  24.31 
 
 
622 aa  137  7.000000000000001e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2405  extracellular solute-binding protein family 5  25.28 
 
 
558 aa  136  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000900492  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2915  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
547 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  24.67 
 
 
540 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2834  extracellular solute-binding protein family 5  26.04 
 
 
526 aa  134  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.360597 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2961  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 
541 aa  134  6e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  25.05 
 
 
509 aa  134  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 
538 aa  133  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 
528 aa  133  9e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3755  extracellular solute-binding protein family 5  23.85 
 
 
547 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0469  extracellular solute-binding protein family 5  24.87 
 
 
552 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 
530 aa  133  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1769  extracellular solute-binding protein family 5  23.43 
 
 
589 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  25.34 
 
 
532 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1412  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  25.33 
 
 
543 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.706367  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1663  extracellular solute-binding protein family 5  23.26 
 
 
578 aa  132  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0397427  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  25.33 
 
 
533 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3103  extracellular solute-binding protein family 5  25.85 
 
 
526 aa  131  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.529212  normal  0.177978 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  25.52 
 
 
531 aa  131  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2027  periplasmic oligopeptide-binding protein precursor  26.14 
 
 
555 aa  131  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.197641  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5111  ABC transporter periplasmic binding protein  23.3 
 
 
532 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.914948  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2435  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 
549 aa  131  4.0000000000000003e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.882532  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0952  4-phytase  25.09 
 
 
554 aa  130  5.0000000000000004e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2743  extracellular solute-binding protein family 5  24.87 
 
 
542 aa  130  6e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000076574  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  23.81 
 
 
510 aa  130  6e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0921  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 
536 aa  130  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.776476  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1605  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 
595 aa  130  6e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 
522 aa  130  7.000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0181  ABC dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  23.87 
 
 
547 aa  130  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3754  extracellular solute-binding protein family 5  23.62 
 
 
542 aa  130  9.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.884226 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3090  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 
542 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  23.29 
 
 
526 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1483  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 
542 aa  129  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3283  extracellular solute-binding protein  24.52 
 
 
545 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.5632  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3842  extracellular solute-binding protein family 5  26.24 
 
 
535 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.298652  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  24.25 
 
 
510 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58350  putative binding protein component of ABC transpor  24.56 
 
 
537 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5110  ABC transporter periplasmic binding protein  24.03 
 
 
537 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.321263  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0187  extracellular solute-binding protein  23.44 
 
 
529 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000120375 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3040  extracellular solute-binding protein  24.47 
 
 
542 aa  128  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.607327 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58360  putative binding protein component of ABC transpor  23.3 
 
 
532 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2956  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 
542 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6676  extracellular solute-binding protein family 5  26.48 
 
 
539 aa  127  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479975  normal  0.420932 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4561  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  24.91 
 
 
531 aa  127  6e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12610  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  26.44 
 
 
586 aa  127  6e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.183632 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2302  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
544 aa  127  6e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00365913  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0882  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  23.51 
 
 
544 aa  127  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1399  periplasmic oligopeptide-binding protein  25.71 
 
 
543 aa  127  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.530492  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 
538 aa  127  7e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2107  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 
532 aa  127  7e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1874  periplasmic oligopeptide-binding protein  25.71 
 
 
543 aa  127  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1581  periplasmic oligopeptide-binding protein  26.05 
 
 
543 aa  127  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197291  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1937  periplasmic oligopeptide-binding protein  25.71 
 
 
543 aa  127  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.26638 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0925  extracellular solute-binding protein  23.52 
 
 
536 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5193  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 
529 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0587295  normal  0.27415 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0587  extracellular solute-binding protein family 5  24.48 
 
 
534 aa  126  1e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5538  extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 
528 aa  125  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332617  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4685  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 
532 aa  125  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.192999  normal  0.292705 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>