More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1354 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1354  hypothetical protein  100 
 
 		 359 aa  672    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1569  Hemolysin-type calcium-binding region  36.95 
 
 		 341 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.722713  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7966  Hemolysin-type calcium-binding region  36.49 
 
 		 341 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7343  Hemolysin-type calcium-binding region  37 
 
 		 615 aa  103  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1701  5'-nucleotidase domain-containing protein  37.43 
 
 		 980 aa  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.507606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2124  hemolysin-type calcium-binding region  50 
 
 		 946 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6816  Hemolysin-type calcium-binding region  36.08 
 
 		 526 aa  99.8  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1696  metallophosphoesterase  37.81 
 
 		 2105 aa  99.4  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1884  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  41.41 
 
 		 588 aa  98.2  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0760067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1697  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.66 
 
 		 1795 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4754  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  39.59 
 
 		 3427 aa  97.1  4e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5716  CHRD domain containing protein  34.53 
 
 		 460 aa  96.7  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3007  hemolysin-type calcium-binding region  33.92 
 
 		 363 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.448328  normal  0.231558 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2160  Hemolysin-type calcium-binding region  40.83 
 
 		 3954 aa  94.7  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0591  FG-GAP  35.58 
 
 		 813 aa  93.2  6e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.41506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0560  hemolysin-type calcium-binding region  34.69 
 
 		 1079 aa  91.3  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.545421  normal  0.459398 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1874  Hemolysin-type calcium-binding region  38.16 
 
 		 4334 aa  91.7  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0514  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  44.04 
 
 		 1279 aa  90.5  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3216  hypothetical protein  35.29 
 
 		 595 aa  90.5  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.00990527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1854  hemolysin-type calcium-binding region  38.41 
 
 		 5171 aa  89.4  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000611986 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0484  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  36.09 
 
 		 2668 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1242  Hemolysin-type calcium-binding region  35.93 
 
 		 1400 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0805  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  36.39 
 
 		 1236 aa  87.4  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3012  hemolysin-type calcium-binding region  33.82 
 
 		 510 aa  87  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3871  RTX toxins and related Ca2+-binding protein-like protein  38.21 
 
 		 1164 aa  86.7  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.318671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0803  5'-nucleotidase  33.24 
 
 		 2667 aa  86.3  7e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8151  CHRD domain containing protein  37.27 
 
 		 460 aa  86.3  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159577  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0387  cadherin  34.38 
 
 		 938 aa  85.9  0.000000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5158  hemolysin-type calcium-binding region  38.66 
 
 		 1534 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.316127  normal  0.475522 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0405  hemolysin-type calcium-binding region  38.16 
 
 		 709 aa  84.7  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1662  hemolysin-type calcium-binding region  32.67 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5002  hemolysin-type calcium-binding region  40.34 
 
 		 1532 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0763111  normal  0.53255 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3695  proprotein convertase P  37.71 
 
 		 2911 aa  83.2  0.000000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.523637 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1936  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.94 
 
 		 1016 aa  83.2  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3089  hemolysin-type calcium-binding region:haemolysin-type calcium binding related  37.55 
 
 		 2689 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.470754 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1564  5'-Nucleotidase domain protein  34.49 
 
 		 2775 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4644  Allergen V5/Tpx-1 related  39.33 
 
 		 833 aa  81.6  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.738369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3435  hemolysin-type calcium-binding region  36.07 
 
 		 219 aa  80.9  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.489484  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4191  hemolysin-type calcium-binding region  41.37 
 
 		 982 aa  80.9  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.735923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1566  outer membrane adhesin like proteiin  33.33 
 
 		 1712 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.6196  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0986  Hemolysin-type calcium binding domain protein  33.08 
 
 		 4798 aa  79.3  0.00000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1795  Allergen V5/Tpx-1 family protein  48.41 
 
 		 421 aa  79  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.797719 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1416  hypothetical protein  41.52 
 
 		 1424 aa  79  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.259976  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2370  Ig family protein  40.54 
 
 		 2954 aa  79  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4711  putative secreted calcium-binding protein  36.07 
 
 		 219 aa  79  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.779916  normal  0.14825 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5032  hemolysin-type calcium-binding region  32.23 
 
 		 387 aa  79.3  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.867375 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2561  heme peroxidase  39.15 
 
 		 3619 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.59491 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3872  hemolysin-type calcium-binding region  39.27 
 
 		 1895 aa  78.2  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0281  protein of unknown function DUF839  34.65 
 
 		 686 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0981  hypothetical protein  32.45 
 
 		 523 aa  78.2  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.478644 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1367  hemolysin-type calcium-binding protein  32.13 
 
 		 757 aa  77.8  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3629  hemolysin-type calcium-binding region  39.04 
 
 		 589 aa  77.4  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.170344 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2591  cadherin  35.03 
 
 		 2145 aa  77.4  0.0000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.213456 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3154  heme peroxidase  37.97 
 
 		 3619 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.468866 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4192  hemolysin-type calcium-binding region  33.53 
 
 		 1287 aa  77  0.0000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.055815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0627  peptidase M10, serralysin-like protein  36.04 
 
 		 606 aa  76.6  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3470  hemolysin-type calcium-binding region  32.62 
 
 		 9867 aa  76.3  0.0000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3643  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  29.22 
 
 		 1180 aa  75.5  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0131  hemolysin-type calcium-binding region  37.65 
 
 		 357 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.258623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0804  hemolysin-type calcium-binding region  32.08 
 
 		 2885 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1871  Hemolysin-type calcium-binding region  37.33 
 
 		 1855 aa  73.9  0.000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0127507  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4091  hemolysin-type calcium-binding region  33.04 
 
 		 313 aa  73.9  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402698 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3353  heme peroxidase  32.87 
 
 		 3608 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3182  putative outer membrane adhesin like proteiin  37.08 
 
 		 2678 aa  72.8  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3374  hemolysin-type calcium-binding region  34.83 
 
 		 491 aa  72.8  0.000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.337821 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1877  Hemolysin-type calcium-binding region  37.36 
 
 		 4800 aa  72.4  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1623  hypothetical protein  33.88 
 
 		 613 aa  71.6  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.54291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4162  outer membrane adhesin like proteiin  42.33 
 
 		 4687 aa  70.5  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4079  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  39.34 
 
 		 485 aa  70.1  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237943  normal  0.0279439 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3265  Ig family protein  32.25 
 
 		 3209 aa  70.1  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.594871  decreased coverage  0.00759247 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3154  hemolysin-type calcium-binding region  34.17 
 
 		 202 aa  69.7  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0996816 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3509  hemolysin-type calcium-binding region, RTX  34.17 
 
 		 202 aa  69.7  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2577  hemolysin-type calcium-binding region  36.04 
 
 		 1383 aa  69.7  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0100249  normal  0.0162919 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0162  Hemolysin-type calcium-binding protein  32.63 
 
 		 833 aa  69.7  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5971  VCBS  35.96 
 
 		 1883 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151859  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4565  hemolysin-type calcium-binding region  33.6 
 
 		 387 aa  69.3  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.520328  normal  0.522149 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2034  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  37.46 
 
 		 1363 aa  68.9  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.055815  normal  0.277467 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0412  beta-Ig-H3/fasciclin  36.67 
 
 		 510 aa  69.3  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.821212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1895  hypothetical protein  43.46 
 
 		 850 aa  68.6  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0996991 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0133  von Willebrand factor, type A  37.89 
 
 		 5218 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.809343 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0793  hemolysin-type calcium-binding region  37.07 
 
 		 795 aa  68.6  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.873812  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2593  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  33.21 
 
 		 1197 aa  68.2  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0238559  normal  0.0624657 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4004  hemolysin-type calcium-binding region  33.33 
 
 		 424 aa  68.6  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0246  putative calcium binding hemolysin protein  30.27 
 
 		 1156 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.383795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1113  hemolysin-type calcium-binding region; RTX toxin  32.15 
 
 		 437 aa  67.8  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2775  hemolysin-type calcium-binding region  32.75 
 
 		 437 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.256809  normal  0.811903 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29131  hypothetical protein  28.16 
 
 		 934 aa  67.8  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0360  hemolysin-type calcium-binding region  38.12 
 
 		 243 aa  67.4  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.624774 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4726  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  35.16 
 
 		 826 aa  67.4  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1974  peptidase-like  41.73 
 
 		 1594 aa  67  0.0000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.195376  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0249  putative calcium binding hemolysin protein  31.21 
 
 		 1499 aa  67  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.74922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2502  Hemolysin-type calcium-binding region  37.93 
 
 		 361 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.263018  normal  0.592505 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3467  hemolysin-type calcium-binding region  33.05 
 
 		 1175 aa  67  0.0000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0616  peptidase, metallopeptidases  33.65 
 
 		 745 aa  66.6  0.0000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5060  hemolysin-type calcium-binding region  30.96 
 
 		 396 aa  66.6  0.0000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1816  hemolysin-type calcium-binding region  31.05 
 
 		 273 aa  66.2  0.0000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.0000000000360233  n/a   
 
 
 
NC_008044  TM1040_0082  type I secretion target repeat-containing protein  33.92 
 
 		 355 aa  65.9  0.0000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3993  hemolysin-type calcium-binding protein  36.44 
 
 		 1112 aa  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.515402  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2501  Cadherin  33.58 
 
 		 942 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.390828  normal  0.873412 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4929  hemolysin-type calcium-binding region  37.6 
 
 		 2097 aa  65.5  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>