More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0184 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0184  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 228 aa  457  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3676  GntR family transcriptional regulator  44.84 
 
 		 241 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3411  GntR family transcriptional regulator  44.84 
 
 		 241 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.397943  normal  0.632381 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0611  GntR family transcriptional regulator  49.78 
 
 		 242 aa  161  7e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.600848  normal  0.0221334 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 229 aa  105  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 229 aa  103  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  30.7 
 
 		 234 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6243  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 234 aa  80.1  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.794552 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 234 aa  79.3  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  32.02 
 
 		 234 aa  78.6  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 220 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  28.79 
 
 		 224 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  30.81 
 
 		 220 aa  77.4  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  29.29 
 
 		 217 aa  76.3  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  32.09 
 
 		 233 aa  76.3  0.0000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08590  transcriptional regulator  32.02 
 
 		 235 aa  75.1  0.0000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.713725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 220 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 245 aa  74.7  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 265 aa  73.6  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1700  GntR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00690032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1047  transcriptional regulator, GntR family  33.67 
 
 		 230 aa  72.8  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  31.62 
 
 		 234 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2372  transcriptional regulator, GntR family  34.59 
 
 		 225 aa  72.4  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000612735  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  28.43 
 
 		 214 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  26.84 
 
 		 231 aa  72  0.000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  29.38 
 
 		 242 aa  72  0.000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  26.8 
 
 		 215 aa  71.6  0.000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 220 aa  72  0.000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  26.29 
 
 		 219 aa  72  0.000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 248 aa  71.6  0.000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 222 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  31.84 
 
 		 230 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  29.15 
 
 		 239 aa  71.6  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 226 aa  71.2  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 241 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  30.46 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 251 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 226 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  27.95 
 
 		 241 aa  70.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 225 aa  70.5  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 247 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3219  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 257 aa  70.1  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0764465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  32.18 
 
 		 218 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 229 aa  69.7  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  27.54 
 
 		 228 aa  70.1  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 226 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 268 aa  69.7  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 255 aa  69.3  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 226 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1913  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1713  transcriptional regulator, GntR family  33.68 
 
 		 219 aa  68.9  0.00000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.725183  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4032  GntR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 232 aa  68.6  0.00000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 267 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0535  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 237 aa  68.9  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150614  normal  0.571261 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 248 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2643  GntR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 206 aa  68.6  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.577807 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 267 aa  68.6  0.00000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  34.12 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  31.66 
 
 		 231 aa  68.2  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 235 aa  67  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  28.02 
 
 		 229 aa  67.4  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  27.14 
 
 		 226 aa  67  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  26.06 
 
 		 221 aa  67.4  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 262 aa  67  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 262 aa  67  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 223 aa  67  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 227 aa  67  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3193  transcriptional regulator, GntR family  25.76 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.367816  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 222 aa  66.6  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  27.89 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0236  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 223 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  27.55 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 240 aa  66.2  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 222 aa  66.2  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  30.39 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 256 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 229 aa  65.9  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5651  transcriptional regulator, GntR family  33.71 
 
 		 219 aa  65.9  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0870438  normal  0.299655 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 223 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  32.66 
 
 		 231 aa  65.9  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 223 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4341  transcriptional regulator, GntR family  28.37 
 
 		 221 aa  65.5  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.341994 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  27.92 
 
 		 228 aa  65.9  0.0000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 241 aa  65.5  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5097  GntR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 216 aa  65.5  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 255 aa  65.5  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  30.61 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 239 aa  65.1  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 241 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>