More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5061 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 234 aa  474  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6243  transcriptional regulator, GntR family  86.7 
 
 		 234 aa  413  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.794552 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  52.47 
 
 		 234 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  54.55 
 
 		 231 aa  225  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1047  transcriptional regulator, GntR family  53.18 
 
 		 230 aa  225  4e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  53.18 
 
 		 265 aa  225  4e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0535  GntR family transcriptional regulator  50.45 
 
 		 237 aa  216  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150614  normal  0.571261 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4032  GntR family transcriptional regulator  51.82 
 
 		 234 aa  209  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1700  GntR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 238 aa  197  7.999999999999999e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00690032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4469  GntR family transcriptional regulator  45.37 
 
 		 228 aa  181  7e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5350  transcriptional regulator, GntR family  40.38 
 
 		 239 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5406  transcriptional regulator, GntR family  39.91 
 
 		 239 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  hitchhiker  0.00193724 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 227 aa  136  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  33.83 
 
 		 229 aa  135  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 229 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0813  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0763  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 261 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 234 aa  129  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  35.11 
 
 		 242 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  35.71 
 
 		 241 aa  125  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  35.65 
 
 		 231 aa  123  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 255 aa  123  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3213  GntR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 284 aa  122  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 228 aa  121  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6001  transcriptional regulator, GntR family  33.78 
 
 		 240 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 264 aa  120  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2127  transcriptional regulator, GntR family  34.27 
 
 		 257 aa  117  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6491  transcriptional regulator, GntR family  33.78 
 
 		 239 aa  115  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5239  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 227 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624054 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3764  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 232 aa  113  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.227003  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02430  transcriptional regulator, GntR family  32.54 
 
 		 237 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0732513  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  28.91 
 
 		 231 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 240 aa  109  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 222 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  29.55 
 
 		 228 aa  108  6e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 230 aa  108  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  29.55 
 
 		 228 aa  108  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 224 aa  106  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 241 aa  106  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4057  transcriptional regulator, GntR family  29.38 
 
 		 227 aa  106  4e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 		 265 aa  105  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2702  transcriptional regulator, GntR family  25.44 
 
 		 232 aa  105  7e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2973  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 248 aa  103  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.010833  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3193  transcriptional regulator, GntR family  25.71 
 
 		 225 aa  101  8e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.367816  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  29.22 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  28.96 
 
 		 228 aa  99.8  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0058  transcriptional regulator, GntR family  29.63 
 
 		 234 aa  99.4  4e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2295  GntR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 241 aa  98.6  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000972767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 228 aa  97.4  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 226 aa  97.1  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2043  transcriptional regulator, GntR family  27.4 
 
 		 235 aa  96.3  4e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000225663  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  27.15 
 
 		 228 aa  96.3  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4702  GntR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 230 aa  95.1  9e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0509  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 255 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.223436  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5598  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 253 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2095  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 241 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2000  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 241 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0216224  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0767  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 255 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.933117  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0582  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 241 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.414159  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1615  transcriptional regulator, GntR family  23.81 
 
 		 230 aa  93.6  2e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000356607  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0693  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 241 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162672  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5061  transcriptional regulator, GntR family  39.35 
 
 		 236 aa  94  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000035042  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1647  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 241 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1747  GntR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 226 aa  92.8  4e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0442594  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 228 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000899292  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.36 
 
 		 228 aa  92  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  26.36 
 
 		 228 aa  92  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  26.36 
 
 		 228 aa  92  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000749692  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 228 aa  92  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000151748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  26.36 
 
 		 228 aa  92  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 228 aa  92  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 228 aa  92  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000222448  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 230 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  25.91 
 
 		 228 aa  89.7  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 226 aa  89.7  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5841  GntR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 225 aa  88.2  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4600  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 245 aa  86.3  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  normal  0.697255 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5133  GntR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 243 aa  86.3  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1827  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 228 aa  85.1  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000849458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1661  transcriptional regulator, GntR family  27.73 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022131  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1681  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1613  transcriptional regulator, GntR family  27.73 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.419265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 229 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  29.17 
 
 		 227 aa  83.2  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1622  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 228 aa  82.4  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.62397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0655  GntR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 257 aa  82.4  0.000000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00110649  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 233 aa  81.6  0.000000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 219 aa  79.7  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08590  transcriptional regulator  30.41 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.713725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 238 aa  78.2  0.00000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 239 aa  78.2  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>