More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0655 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0655  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 257 aa  527  1e-149  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00110649  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3764  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 232 aa  132  5e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.227003  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 228 aa  123  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 228 aa  122  6e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  32.99 
 
 		 228 aa  119  6e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  32.47 
 
 		 228 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 228 aa  115  8.999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  28.99 
 
 		 231 aa  108  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 227 aa  104  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  28.7 
 
 		 277 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2702  transcriptional regulator, GntR family  30.49 
 
 		 232 aa  103  4e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  29.05 
 
 		 241 aa  100  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2973  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 248 aa  100  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.010833  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.17 
 
 		 228 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  26.17 
 
 		 228 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  26.17 
 
 		 228 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 228 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000151748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 228 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 228 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000222448  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  26.17 
 
 		 228 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000749692  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  30.37 
 
 		 242 aa  99.4  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5406  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 239 aa  99.4  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  hitchhiker  0.00193724 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  29.72 
 
 		 234 aa  99  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 228 aa  99  7e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000899292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  29.08 
 
 		 229 aa  97.8  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1047  transcriptional regulator, GntR family  27.8 
 
 		 230 aa  98.2  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 265 aa  98.2  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4057  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 227 aa  97.1  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  25.7 
 
 		 228 aa  97.1  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 230 aa  94.7  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2043  transcriptional regulator, GntR family  29.57 
 
 		 235 aa  94.7  1e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000225663  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1700  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 238 aa  94.7  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00690032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5350  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 239 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 244 aa  93.6  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0535  GntR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 237 aa  92.8  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150614  normal  0.571261 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4469  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 228 aa  92  8e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  26.79 
 
 		 234 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2127  transcriptional regulator, GntR family  26.11 
 
 		 257 aa  90.5  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1747  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 226 aa  90.1  3e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0442594  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0058  transcriptional regulator, GntR family  29.46 
 
 		 234 aa  88.6  8e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  26.96 
 
 		 231 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1622  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 228 aa  86.3  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.62397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1827  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 228 aa  86.3  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000849458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6243  transcriptional regulator, GntR family  29.29 
 
 		 234 aa  85.9  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.794552 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  28.04 
 
 		 231 aa  85.5  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02430  transcriptional regulator, GntR family  30.68 
 
 		 237 aa  85.5  8e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0732513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1613  transcriptional regulator, GntR family  28.87 
 
 		 228 aa  85.5  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.419265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1661  transcriptional regulator, GntR family  28.87 
 
 		 228 aa  85.5  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022131  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1681  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 228 aa  85.5  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  28.79 
 
 		 234 aa  82.4  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 224 aa  82.4  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3213  GntR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 284 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 240 aa  80.5  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3193  transcriptional regulator, GntR family  23.96 
 
 		 225 aa  79  0.00000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.367816  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  27.18 
 
 		 239 aa  78.2  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 226 aa  76.3  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 264 aa  76.3  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  25.51 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  26.4 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4032  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 234 aa  75.5  0.0000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1615  transcriptional regulator, GntR family  27.72 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000356607  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6001  transcriptional regulator, GntR family  25.86 
 
 		 240 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 225 aa  75.1  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 216 aa  72.8  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 229 aa  72.4  0.000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5598  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 253 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2295  GntR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 241 aa  71.2  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000972767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  27.08 
 
 		 216 aa  71.2  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 255 aa  70.5  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 222 aa  70.1  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6491  transcriptional regulator, GntR family  26.44 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 255 aa  69.7  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  24.02 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  24 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  24.77 
 
 		 265 aa  68.6  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  24.02 
 
 		 229 aa  68.6  0.00000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  25.34 
 
 		 237 aa  68.6  0.00000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 219 aa  68.6  0.00000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5841  GntR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 225 aa  68.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 230 aa  68.2  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 227 aa  67.4  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0509  GntR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 255 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.223436  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  24.1 
 
 		 238 aa  67.8  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2095  GntR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 241 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2000  GntR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 241 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0216224  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  22.7 
 
 		 235 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  25.74 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>