More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2643 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2643  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  422  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.577807 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2549  GntR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 203 aa  244  6e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000803432  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  32.93 
 
 		 223 aa  93.6  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 256 aa  92.4  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 262 aa  81.6  0.000000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 233 aa  81.3  0.000000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  29.31 
 
 		 222 aa  80.9  0.00000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4119  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 258 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.260522  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5995  GntR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.261436  normal  0.0901138 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2372  transcriptional regulator, GntR family  31.41 
 
 		 225 aa  79.7  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000612735  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 227 aa  79.7  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 265 aa  79.7  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 255 aa  78.6  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 255 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5240  transcriptional regulator, GntR family  27.59 
 
 		 227 aa  78.2  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  27.96 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 229 aa  77.4  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1713  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.725183  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3295  transcriptional regulator, GntR family  28.31 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4799  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.197176 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1913  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5735  GntR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.419462 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 245 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 242 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 242 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  26.88 
 
 		 240 aa  75.1  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3515  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 226 aa  75.1  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.715745  normal  0.6161 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 230 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 241 aa  75.1  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 235 aa  74.7  0.0000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 242 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5651  transcriptional regulator, GntR family  31.54 
 
 		 219 aa  73.9  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0870438  normal  0.299655 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  26.67 
 
 		 226 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  27.17 
 
 		 240 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  27.1 
 
 		 244 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  27.69 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  29.76 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  31.79 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 220 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  27.17 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 242 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 241 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1435  transcriptional regulator, GntR family  26.87 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  26.42 
 
 		 232 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0628  transcriptional regulator protein  26.5 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5853  transcriptional regulator GntR family  27.07 
 
 		 221 aa  72.8  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.110749  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 242 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2045  GntR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 258 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  28.88 
 
 		 246 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  27.17 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 227 aa  72.4  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 234 aa  72  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  29.67 
 
 		 231 aa  72  0.000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 240 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3921  transcriptional regulator, GntR family  26.26 
 
 		 234 aa  71.6  0.000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.920315  normal  0.185001 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 245 aa  71.6  0.000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  26.9 
 
 		 223 aa  71.6  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1517  transcriptional regulator, GntR family  32.45 
 
 		 225 aa  71.6  0.000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 235 aa  71.2  0.000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 241 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0495  transcriptional regulator GntR  28.31 
 
 		 249 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2173  hypothetical protein  29.82 
 
 		 222 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0421026  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 215 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 254 aa  71.2  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3368  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 227 aa  71.2  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00646565  normal  0.0258143 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 224 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 215 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 245 aa  70.5  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  27.56 
 
 		 238 aa  70.1  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 212 aa  70.1  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3443  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 235 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0659534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4086  GntR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.297751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 252 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 265 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 226 aa  70.5  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 219 aa  70.5  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 226 aa  70.1  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0035  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17540  transcriptional regulator, GntR family  24 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.615531  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5027  transcriptional regulator, GntR family  27.11 
 
 		 224 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>