More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2549 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2549  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
203 aa  412  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000803432  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2643  GntR family transcriptional regulator  55.56 
 
 
206 aa  233  1.0000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.577807 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
235 aa  95.1  6e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
234 aa  90.5  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
256 aa  90.5  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
234 aa  89.4  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
234 aa  89.4  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
234 aa  89.7  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 
229 aa  88.2  8e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1913  transcriptional regulator, GntR family  32.79 
 
 
223 aa  88.2  8e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  29.89 
 
 
229 aa  87  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  30.46 
 
 
222 aa  86.3  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  29.56 
 
 
229 aa  87  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  31 
 
 
234 aa  86.7  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  29.38 
 
 
246 aa  86.3  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1511  GntR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
231 aa  85.9  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2536  GntR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
231 aa  85.9  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.184129  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2392  GntR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
231 aa  85.9  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3300  GntR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
231 aa  85.9  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1282  GntR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
231 aa  85.9  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.932176  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2435  GntR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
231 aa  85.9  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303116  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2010  GntR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
231 aa  85.9  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
233 aa  85.9  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5667  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 
260 aa  85.5  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 
229 aa  84.7  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 
234 aa  84  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
231 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
245 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
226 aa  84  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1881  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
234 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.249163 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  31.87 
 
 
227 aa  82.8  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
262 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
255 aa  82  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
234 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
255 aa  81.6  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  27.75 
 
 
226 aa  81.6  0.000000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 
255 aa  81.6  0.000000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  30.29 
 
 
258 aa  81.3  0.000000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 
255 aa  81.3  0.000000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
235 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2372  transcriptional regulator, GntR family  29.47 
 
 
225 aa  80.9  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000612735  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
242 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 
242 aa  80.5  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
262 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
262 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1954  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
234 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
242 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  30.14 
 
 
240 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
238 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
247 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  27.72 
 
 
223 aa  79.7  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 
223 aa  79.7  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  28.86 
 
 
238 aa  79  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 
234 aa  79.3  0.00000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 
242 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5735  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
224 aa  79  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.419462 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  29.67 
 
 
240 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 
242 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
240 aa  78.2  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  30.11 
 
 
267 aa  78.2  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
223 aa  77.8  0.00000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  28.42 
 
 
265 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5651  transcriptional regulator, GntR family  27.92 
 
 
219 aa  77.8  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0870438  normal  0.299655 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1435  transcriptional regulator, GntR family  25.37 
 
 
230 aa  77.8  0.0000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  29.32 
 
 
249 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  26.37 
 
 
222 aa  77.8  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 
217 aa  77.4  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 
241 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  29.73 
 
 
233 aa  77  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  27.46 
 
 
241 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 
242 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 
227 aa  76.6  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
230 aa  76.3  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 
241 aa  76.3  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  28.79 
 
 
235 aa  75.9  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
241 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3764  GntR family transcriptional regulator  29.12 
 
 
232 aa  75.9  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.227003  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
265 aa  75.5  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  27.68 
 
 
229 aa  75.5  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0035  GntR family transcriptional regulator  28.73 
 
 
230 aa  75.5  0.0000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  28.89 
 
 
223 aa  75.1  0.0000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  26.57 
 
 
240 aa  75.1  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  29.65 
 
 
223 aa  75.1  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5995  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
226 aa  74.7  0.0000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.261436  normal  0.0901138 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2045  GntR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
258 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0628  transcriptional regulator protein  25.6 
 
 
207 aa  73.9  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  27.86 
 
 
230 aa  73.9  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 
212 aa  73.9  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 
227 aa  74.3  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
219 aa  74.3  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
224 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5240  transcriptional regulator, GntR family  26.18 
 
 
227 aa  74.3  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3443  GntR family transcriptional regulator  25.51 
 
 
235 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0659534  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
229 aa  73.2  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  29.15 
 
 
225 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0311  GntR family transcriptional regulator  25.87 
 
 
202 aa  73.6  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  29.13 
 
 
234 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 
240 aa  73.6  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
223 aa  73.6  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  28.11 
 
 
231 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>