More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3311 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3311  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
401 aa  820    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0809  putative diguanylate phosphodiesterase  33.25 
 
 
411 aa  231  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1023  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  31.97 
 
 
399 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0438319 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2580  putative diguanylate phosphodiesterase  30.49 
 
 
413 aa  192  7e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.465232 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0951  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  30.77 
 
 
399 aa  188  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0483  cyclic-di-GMP regulatory protein  27.96 
 
 
406 aa  159  8e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3494  diguanylate phosphodiesterase  30.38 
 
 
393 aa  152  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1555  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  28.21 
 
 
412 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2469  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  27.3 
 
 
407 aa  143  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.456711  normal  0.0660939 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06170  sensory transduction protein kinase  27.44 
 
 
380 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04753  Response regulator with EAL domain  29.94 
 
 
417 aa  140  4.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.736071  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2025  cyclic-di-GMP regulatory protein  25.88 
 
 
390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.100945  normal  0.0489408 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000286  response regulator VieA  25.53 
 
 
384 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.926031  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3079  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  25.32 
 
 
403 aa  126  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.713986  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1940  response regulator  27 
 
 
397 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249901  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1258  response regulator VieA  28.3 
 
 
584 aa  123  6e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.204001  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12810  two-component response regulator  27.91 
 
 
392 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0434149  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1161  two-component response regulator  27.49 
 
 
392 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.079041  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5143  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.37 
 
 
884 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.663755  normal  0.026538 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5528  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  32.64 
 
 
880 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785469  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3750  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  23.92 
 
 
397 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0227  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  25.53 
 
 
843 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1496  response regulator and cylclic diguanylate phosphodiesterase  26.06 
 
 
413 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0908  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  25 
 
 
405 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1876  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  25.47 
 
 
416 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.296132  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2201  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  25.43 
 
 
400 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3853  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  26.94 
 
 
417 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3799  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  25.52 
 
 
415 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1483  response regulator/EAL domain protein  26.05 
 
 
429 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4742  RNase II stability modulator  29.39 
 
 
664 aa  110  6e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.632651  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3943  diguanylate cyclase  31.91 
 
 
842 aa  108  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.67 
 
 
991 aa  108  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1716  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.36 
 
 
1238 aa  108  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3545  diguanylate phosphodiesterase  29.88 
 
 
298 aa  108  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18455  normal  0.882443 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4335  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.52 
 
 
842 aa  107  4e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.43 
 
 
775 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3603  GGDEF domain-containing protein  31.2 
 
 
570 aa  106  6e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2115  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  25.13 
 
 
402 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126649  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1020  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  25.51 
 
 
399 aa  106  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1218  diguanylate cyclase  30.4 
 
 
803 aa  106  8e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.705324 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.6 
 
 
826 aa  106  8e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.396242  hitchhiker  0.0036434 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2232  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  24.87 
 
 
402 aa  106  9e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.168797  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2348  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  24.87 
 
 
402 aa  106  9e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1310  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.74 
 
 
712 aa  106  9e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2127  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  24.87 
 
 
402 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3039  diguanylate phosphodiesterase  25.32 
 
 
395 aa  105  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0303288  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2717  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.27 
 
 
720 aa  104  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00595541 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  28.51 
 
 
703 aa  103  7e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0890  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  27.69 
 
 
655 aa  102  8e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.191465  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  25.62 
 
 
1346 aa  102  9e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4060  GGDEF  29.96 
 
 
705 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2138  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.22 
 
 
247 aa  102  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.106581  normal  0.507005 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0862  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.49 
 
 
571 aa  101  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.903068  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.7 
 
 
1069 aa  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00515556 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0980  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.55 
 
 
683 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000403216 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02551  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  30.61 
 
 
454 aa  102  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1622  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.9 
 
 
824 aa  101  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0606  putative signaling protein  30.33 
 
 
679 aa  101  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2223  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.45 
 
 
725 aa  100  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.847933  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56790  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  28.74 
 
 
687 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59790  two component response regulator  24.29 
 
 
399 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000119799  hitchhiker  4.43105e-18 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3016  two component response regulator  24.6 
 
 
399 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0914  GGDEF domain-containing protein  30.04 
 
 
693 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.398639  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.04 
 
 
694 aa  100  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.479212  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  28.1 
 
 
703 aa  100  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4938  putative lipoprotein  28.74 
 
 
686 aa  100  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4474  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.55 
 
 
683 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.192175 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3255  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.03 
 
 
774 aa  100  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.449187  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.37 
 
 
683 aa  100  7e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0313  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.44 
 
 
576 aa  99.4  9e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000343  C-di-GMP phosphodiesterase A-related protein  27.92 
 
 
788 aa  99  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  29.31 
 
 
669 aa  99.4  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0173  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30 
 
 
823 aa  99  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.348272  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  28.69 
 
 
1228 aa  99.4  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1293  EAL:response regulator receiver  26.84 
 
 
453 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.532656  normal  0.518355 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1314  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.45 
 
 
712 aa  98.2  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.04 
 
 
711 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.444283  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2963  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.06 
 
 
1251 aa  97.8  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.246733 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2171  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  24.93 
 
 
408 aa  97.8  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.189433  normal  0.293545 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.46 
 
 
577 aa  97.8  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.178537  normal  0.435541 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.03 
 
 
876 aa  97.8  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.63 
 
 
925 aa  97.1  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.93 
 
 
775 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.472335  normal  0.953332 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.72 
 
 
1524 aa  97.4  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.482461  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.57 
 
 
706 aa  97.1  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1685  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.6 
 
 
585 aa  97.1  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.72 
 
 
692 aa  97.1  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.352586 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6367  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.82 
 
 
840 aa  97.1  5e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0409  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor  27.27 
 
 
925 aa  97.1  5e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.231334  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.76 
 
 
726 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06147  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.74 
 
 
778 aa  96.7  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.67 
 
 
592 aa  96.7  7e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4365  GGDEF domain/EAL domain protein  29.02 
 
 
683 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3182  GGDEF domain-containing protein  28.93 
 
 
754 aa  96.3  9e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.04 
 
 
695 aa  96.3  9e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1240  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.02 
 
 
777 aa  96.3  9e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2313  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.38 
 
 
981 aa  95.9  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.762814  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1742  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.27 
 
 
790 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.451228  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1418  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.62 
 
 
777 aa  95.9  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.27 
 
 
790 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>