More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2849 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2849  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  593  1e-168  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.794351  normal  0.971286 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  48.54 
 
 		 298 aa  262  6e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 296 aa  259  4e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 299 aa  257  1e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 299 aa  257  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 299 aa  256  3e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 299 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 300 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 299 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  45.49 
 
 		 299 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 297 aa  247  2e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  31.72 
 
 		 309 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0178  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 315 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2153  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 301 aa  112  6e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.638305 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 302 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 306 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06260  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.308123  normal  0.145947 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 307 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 299 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  30.15 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  32.95 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2686  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 297 aa  106  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.524728 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1933  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 301 aa  105  9e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0399555 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  30.07 
 
 		 304 aa  105  9e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50160  LysR family transcriptional regulator protein  29.17 
 
 		 300 aa  104  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2325  transcriptional regulator, LysR family protein  27.65 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 307 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 303 aa  103  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 307 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  29.03 
 
 		 307 aa  102  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 310 aa  102  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 321 aa  102  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  28.41 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2021  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  28.96 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  29.13 
 
 		 341 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  28.68 
 
 		 315 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.86 
 
 		 307 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 304 aa  99.8  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2290  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 304 aa  99.4  6e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000611943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2362  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 304 aa  99.4  6e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0454134  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2480  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 304 aa  99.4  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 304 aa  99.4  7e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 299 aa  99.4  7e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 302 aa  98.2  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1875  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 299 aa  97.4  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 302 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 302 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 302 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 307 aa  96.3  5e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 304 aa  95.5  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  28.27 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 300 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 300 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1776  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 283 aa  94.7  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 322 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 306 aa  93.6  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 300 aa  93.6  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 309 aa  93.2  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0057  hypothetical protein  26.26 
 
 		 302 aa  92.8  6e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0055  hypothetical protein  26.26 
 
 		 302 aa  92.8  6e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 303 aa  92.4  9e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 303 aa  92  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1789  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 313 aa  91.3  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 313 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0700  putative transcriptional regulator  32.55 
 
 		 326 aa  90.5  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 322 aa  90.1  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  27.97 
 
 		 324 aa  88.6  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 309 aa  87.4  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 307 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 302 aa  85.9  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  27.31 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  27.95 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.09 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2592  putative transcriptional regulator  28.77 
 
 		 312 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>