More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_1241 on replicon NC_008542
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  79.53 
 
 		 302 aa  486  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  53.63 
 
 		 301 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  50.34 
 
 		 307 aa  264  2e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 307 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 307 aa  260  3e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 307 aa  255  7e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 306 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 309 aa  247  1e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 301 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  45.05 
 
 		 296 aa  238  9e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  45.39 
 
 		 296 aa  238  9e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  45.67 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 304 aa  233  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  44.14 
 
 		 322 aa  232  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 309 aa  226  4e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 307 aa  225  6e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  43.55 
 
 		 322 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  43.31 
 
 		 315 aa  192  8e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.8 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 307 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 299 aa  182  8.000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2659  LysR family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 199 aa  166  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 341 aa  153  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 307 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3401  LysR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 207 aa  149  8e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.674925  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.19 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 294 aa  142  5e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 326 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 309 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  33.22 
 
 		 309 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  139  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 302 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 291 aa  136  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  135  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 296 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 302 aa  135  9e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 303 aa  134  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  34.49 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 295 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  32.3 
 
 		 294 aa  132  9e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 295 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  32.29 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 295 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  29.82 
 
 		 297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 307 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 307 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 306 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 297 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 297 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1776  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 283 aa  123  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0178  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 315 aa  123  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 290 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 299 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  30.07 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  29.97 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  29.29 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 292 aa  115  6e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 295 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  28.92 
 
 		 324 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0057  hypothetical protein  26.71 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0055  hypothetical protein  25.61 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 304 aa  113  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0195  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  32.66 
 
 		 292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 320 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 305 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 306 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>