More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2728 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  624  1e-178  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  72.37 
 
 		 304 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 296 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 311 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 326 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  39.14 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 297 aa  198  9e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  39.32 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 295 aa  191  9e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  34.97 
 
 		 292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2262  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3513  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 284 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3411  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 284 aa  176  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 296 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2415  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 284 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.535786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  40.4 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 283 aa  171  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 292 aa  170  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 297 aa  169  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 292 aa  169  8e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 291 aa  168  8e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 296 aa  168  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.38 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.434273  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 287 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 287 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 287 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 287 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  32.63 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_003296  RS04791  putative transcription regulator protein  39.13 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.781761  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 304 aa  162  9e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0922  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.534573  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3489  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3586  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 294 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 292 aa  159  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 294 aa  158  9e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  35.52 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2083  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.163485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2531  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0697  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2393  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 294 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5696  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542935  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1745  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2378  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2357  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2275  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2730  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  36.64 
 
 		 292 aa  152  5e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1442  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 292 aa  152  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3300  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1330  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.64 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4116  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4003  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.684934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3727  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.837668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1712  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  32.71 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 295 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4156  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 313 aa  145  8.000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 309 aa  142  5e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 322 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 294 aa  142  8e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 307 aa  142  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0137  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 307 aa  142  9e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0155  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  34.2 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  33.46 
 
 		 292 aa  139  6e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>