More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3513 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3513  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 284 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2262  LysR family transcriptional regulator  99.65 
 
 		 306 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2415  LysR family transcriptional regulator  93.97 
 
 		 284 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.535786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2730  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  51.57 
 
 		 292 aa  286  2e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1330  LysR family substrate binding transcriptional regulator  51.22 
 
 		 292 aa  285  9e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3411  LysR family transcriptional regulator  51.93 
 
 		 296 aa  284  1.0000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1442  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 292 aa  283  2.0000000000000002e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  50.7 
 
 		 288 aa  281  8.000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  50.7 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 292 aa  278  1e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  48.93 
 
 		 287 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  48.93 
 
 		 287 aa  272  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  48.93 
 
 		 287 aa  272  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  48.93 
 
 		 287 aa  271  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  48.57 
 
 		 287 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 299 aa  270  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0922  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 294 aa  266  4e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.534573  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3300  LysR family transcriptional regulator  47.87 
 
 		 288 aa  265  5e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  48.28 
 
 		 301 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  48.59 
 
 		 296 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 284 aa  247  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  49.1 
 
 		 283 aa  246  3e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1745  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 294 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2357  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 294 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2378  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 294 aa  242  6e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4116  transcriptional regulator, LysR family  48.29 
 
 		 294 aa  241  7e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 294 aa  241  7e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4003  transcriptional regulator, LysR family  48.29 
 
 		 294 aa  241  7e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.684934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5696  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 294 aa  239  5e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 294 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0697  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 294 aa  237  1e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2083  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 294 aa  237  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.163485  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 294 aa  237  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2531  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 294 aa  237  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2275  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 294 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 294 aa  237  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 294 aa  237  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.89 
 
 		 294 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.434273  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2393  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 294 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04791  putative transcription regulator protein  46.92 
 
 		 294 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.781761  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3586  transcriptional regulator, LysR family  44.86 
 
 		 294 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3489  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 291 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  36.08 
 
 		 290 aa  142  7e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 293 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  34.1 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 326 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  28.77 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  31.93 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 295 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 302 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 292 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  29.76 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  30.39 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 292 aa  122  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  30.72 
 
 		 315 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 295 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  30.04 
 
 		 294 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 292 aa  113  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 292 aa  112  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 305 aa  112  9e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 313 aa  106  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 309 aa  106  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  27.76 
 
 		 287 aa  106  5e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 292 aa  105  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  30.48 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 294 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 309 aa  101  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 322 aa  99  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0155  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 307 aa  97.4  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 295 aa  97.1  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0137  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 295 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3727  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.837668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>