More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0788 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  606  9.999999999999999e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  92.07 
 
 		 292 aa  555  1e-157  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  70.83 
 
 		 288 aa  428  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2730  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  63.73 
 
 		 292 aa  377  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1442  LysR family transcriptional regulator  63.38 
 
 		 292 aa  375  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1330  LysR family substrate binding transcriptional regulator  63.38 
 
 		 292 aa  375  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3411  LysR family transcriptional regulator  60.56 
 
 		 296 aa  347  1e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  55.71 
 
 		 287 aa  307  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  55.71 
 
 		 287 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  55.71 
 
 		 287 aa  306  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  55.71 
 
 		 287 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  55.36 
 
 		 287 aa  305  4.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  53.31 
 
 		 299 aa  294  1e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3300  LysR family transcriptional regulator  52.11 
 
 		 288 aa  291  1e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  50.89 
 
 		 284 aa  286  4e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2415  LysR family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 284 aa  285  5e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.535786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2262  LysR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 306 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3513  LysR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 284 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0922  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 294 aa  278  7e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.534573  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 294 aa  276  3e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2531  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 294 aa  275  5e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 294 aa  275  5e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  50.69 
 
 		 301 aa  275  5e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 294 aa  275  5e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 294 aa  275  5e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 294 aa  275  5e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0697  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 294 aa  275  5e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2083  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 294 aa  275  5e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.163485  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 296 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  50.88 
 
 		 283 aa  269  2.9999999999999997e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1745  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 294 aa  265  5e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2357  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 294 aa  265  5e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04791  putative transcription regulator protein  48.64 
 
 		 294 aa  264  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.781761  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2378  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 294 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4116  transcriptional regulator, LysR family  49.15 
 
 		 294 aa  263  3e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4003  transcriptional regulator, LysR family  49.15 
 
 		 294 aa  263  3e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.684934  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3586  transcriptional regulator, LysR family  51.56 
 
 		 294 aa  262  4e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2275  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 294 aa  262  4e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2393  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 294 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.56 
 
 		 294 aa  259  3e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.434273  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5696  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 294 aa  258  9e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3489  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 291 aa  235  7e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 304 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 304 aa  169  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 291 aa  166  5.9999999999999996e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 296 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 306 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  37.28 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 326 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  36.18 
 
 		 294 aa  145  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  34.55 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  36.68 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  32.17 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  31.6 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 296 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  29.23 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 291 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 309 aa  119  9e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 293 aa  113  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 294 aa  112  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0155  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 303 aa  110  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  25.99 
 
 		 287 aa  109  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0137  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  31.83 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 290 aa  104  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0195  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>