More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0355 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  605  9.999999999999999e-173  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 326 aa  182  7e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 311 aa  178  9e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  37.76 
 
 		 294 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  38.38 
 
 		 294 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 294 aa  169  7e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  37.76 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  32.74 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 292 aa  155  8e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 291 aa  154  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  31.54 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 295 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 291 aa  148  8e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 295 aa  148  9e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 292 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 283 aa  144  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 292 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  30.6 
 
 		 292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 322 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  33.05 
 
 		 290 aa  136  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  28.77 
 
 		 287 aa  136  5e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  32.3 
 
 		 315 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 322 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3513  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2262  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2415  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 284 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.535786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 290 aa  122  8e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3300  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 288 aa  120  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  27.08 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 284 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 		 292 aa  113  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 295 aa  113  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  29.45 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2730  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  29.45 
 
 		 292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1330  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.45 
 
 		 292 aa  112  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1442  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 292 aa  113  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 288 aa  113  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 309 aa  112  9e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  32.08 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1757  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 310 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.187879 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  27.99 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001477  transcriptional regulator  28.63 
 
 		 292 aa  109  6e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.223325  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3586  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 306 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05418  transcriptional regulator  27.8 
 
 		 292 aa  106  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 303 aa  106  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0601  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 304 aa  106  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.8 
 
 		 294 aa  105  7e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.434273  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 306 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0402  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 292 aa  105  7e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0779916  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2083  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 294 aa  105  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.163485  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 294 aa  105  9e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2531  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 294 aa  105  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>