More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0601 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0601  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  624  1e-178  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06200  transcriptional regulator  32.31 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03361  transcriptional regulator  29.11 
 
 		 287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 296 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  28.81 
 
 		 302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  29.8 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 293 aa  115  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 311 aa  115  8.999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 302 aa  113  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 306 aa  112  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  29.28 
 
 		 315 aa  109  6e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 291 aa  105  7e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 294 aa  105  8e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 283 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  26.53 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 296 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  26.42 
 
 		 295 aa  102  7e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 306 aa  102  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 292 aa  102  8e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 296 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 303 aa  102  9e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 305 aa  102  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  26.8 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  26.46 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  25.56 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  24.01 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 		 341 aa  99.8  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 304 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 295 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 304 aa  99  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 295 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  24.58 
 
 		 307 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  24.49 
 
 		 290 aa  96.3  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 293 aa  95.9  8e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  24.24 
 
 		 307 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  24.24 
 
 		 307 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 322 aa  95.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  25.67 
 
 		 301 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 322 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0057  hypothetical protein  25.77 
 
 		 302 aa  92.8  7e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 307 aa  92  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 301 aa  91.7  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3018  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.402662  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5348  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0816999  normal  0.420046 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1712  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  26.69 
 
 		 307 aa  90.9  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4696  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.580635  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0055  hypothetical protein  25.38 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 296 aa  90.9  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 288 aa  90.1  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0300  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 296 aa  89.7  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 296 aa  89.7  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4156  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 301 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  24.4 
 
 		 292 aa  89.4  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3727  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 301 aa  89  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.837668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 306 aa  89  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4338  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 290 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02796  putative transcriptional regulator, LysR family protein  29.1 
 
 		 299 aa  89  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1599  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 320 aa  88.2  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.546474 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  22.37 
 
 		 301 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4922  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  38.4 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2415  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 284 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.535786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 310 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 287 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 287 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  26.05 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 		 287 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>