More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3125 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  603  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  73 
 
 		 301 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  68.24 
 
 		 307 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  59.86 
 
 		 307 aa  350  2e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  59.52 
 
 		 307 aa  347  1e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  59.18 
 
 		 307 aa  344  1e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  55.21 
 
 		 309 aa  310  1e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  47.4 
 
 		 322 aa  265  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 302 aa  264  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  46.71 
 
 		 322 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 304 aa  247  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 306 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  45.52 
 
 		 307 aa  232  5e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  46.58 
 
 		 296 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  46.23 
 
 		 296 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 309 aa  222  7e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 306 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3401  LysR family transcriptional regulator  47.15 
 
 		 207 aa  159  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.674925  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 296 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 301 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 297 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.16 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 315 aa  152  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2659  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 199 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  33.11 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.89 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 302 aa  122  7e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 306 aa  122  7e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 326 aa  122  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 290 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  32.19 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 283 aa  117  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  31.01 
 
 		 309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  31.75 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  30.28 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 304 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 304 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 304 aa  112  5e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 292 aa  113  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  29.76 
 
 		 297 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 304 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2686  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.524728 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2325  transcriptional regulator, LysR family protein  29.03 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1875  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 307 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 307 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 296 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 295 aa  109  6e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2290  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 304 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000611943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2362  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 304 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0454134  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2480  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 304 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 295 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>