More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1726 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  100 
 
 		 307 aa  600  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  99.02 
 
 		 307 aa  593  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  94.95 
 
 		 307 aa  560  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  60.74 
 
 		 301 aa  349  4e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  59.87 
 
 		 307 aa  342  7e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 301 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 302 aa  270  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 309 aa  270  2e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 299 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 299 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 299 aa  266  4e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  47.39 
 
 		 322 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  47.57 
 
 		 322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 306 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  46.26 
 
 		 307 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 304 aa  241  7.999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 309 aa  240  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  47.46 
 
 		 296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  47.8 
 
 		 296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 301 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3401  LysR family transcriptional regulator  49.04 
 
 		 207 aa  169  7e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.674925  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 341 aa  167  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.71 
 
 		 302 aa  159  8e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2659  LysR family transcriptional regulator  46.07 
 
 		 199 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 321 aa  156  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 307 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 297 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 301 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  32.51 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 326 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 296 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 311 aa  125  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  29.47 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0300  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 299 aa  123  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 298 aa  122  8e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2083  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.163485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2531  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0697  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 291 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  31.54 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 297 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.27 
 
 		 307 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 302 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 302 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 302 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 303 aa  116  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 302 aa  116  6e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 302 aa  115  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 302 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  31.74 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4696  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.580635  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3018  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.402662  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5348  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0816999  normal  0.420046 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 304 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  30.17 
 
 		 292 aa  114  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>