239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_3401 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_3401  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 207 aa  412  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.674925  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  61.34 
 
 		 296 aa  231  7.000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  61.34 
 
 		 296 aa  231  7.000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  54.11 
 
 		 309 aa  228  4e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2659  LysR family transcriptional regulator  54.87 
 
 		 199 aa  214  9e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  52.82 
 
 		 304 aa  206  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  50.25 
 
 		 307 aa  166  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 301 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  50.25 
 
 		 307 aa  166  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  45.77 
 
 		 307 aa  166  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 307 aa  162  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 309 aa  162  5.0000000000000005e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  48.73 
 
 		 307 aa  160  9e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 322 aa  152  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 322 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 306 aa  143  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 299 aa  125  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 306 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 307 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 321 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 341 aa  116  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 313 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  39.88 
 
 		 315 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 307 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 303 aa  109  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.2 
 
 		 302 aa  93.6  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 307 aa  78.6  0.00000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 304 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5918  regulatory protein, LysR  55.22 
 
 		 114 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5553  regulatory protein, LysR  55.22 
 
 		 114 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  25 
 
 		 307 aa  69.7  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 300 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1180  LysR family transcriptional regulator  51.95 
 
 		 81 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.549703  normal  0.17392 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  23.9 
 
 		 304 aa  67  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 306 aa  67  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1757  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.187879 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 307 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2849  LysR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.794351  normal  0.971286 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.22 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 304 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 297 aa  61.6  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3997  transcriptional regulator, MarR family  30.54 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4110  transcriptional regulator, MarR family  30.54 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180794 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 297 aa  59.3  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1776  LysR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 283 aa  60.1  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 359 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 312 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 303 aa  58.9  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 298 aa  58.9  0.00000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 299 aa  58.2  0.00000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 306 aa  57.8  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 297 aa  58.2  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 299 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  24.87 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3477  LysR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 313 aa  57  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.496737  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 297 aa  56.2  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  25.38 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 296 aa  55.8  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 311 aa  55.5  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1432  transcriptional regulator, MarR family  29.85 
 
 		 307 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.830157 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 297 aa  55.5  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2089  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 298 aa  55.5  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 297 aa  55.5  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 307 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 308 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 307 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 297 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 307 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3009  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 307 aa  54.3  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  25.93 
 
 		 324 aa  53.9  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 300 aa  54.3  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 296 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 293 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 300 aa  54.3  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 297 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  27.37 
 
 		 294 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2573  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.42 
 
 		 310 aa  53.9  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.922833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 306 aa  53.9  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1860  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.42 
 
 		 310 aa  53.9  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178979  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1754  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.42 
 
 		 310 aa  53.9  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000500899  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 302 aa  53.9  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>