More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1776 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1776  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 296 aa  152  4e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  142  9e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 299 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 299 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0178  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 307 aa  126  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 301 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0057  hypothetical protein  28.52 
 
 		 302 aa  125  9e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0055  hypothetical protein  28.18 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.7 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  28.46 
 
 		 309 aa  116  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06260  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.308123  normal  0.145947 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  28.85 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  27.86 
 
 		 309 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 309 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.24 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1875  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 307 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1933  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0399555 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 322 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  25.98 
 
 		 307 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  25.98 
 
 		 307 aa  112  9e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2153  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.638305 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  28.78 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2325  transcriptional regulator, LysR family protein  27.24 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2480  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2290  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000611943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2362  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0454134  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2013  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.02 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000422246  normal  0.025363 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.45 
 
 		 329 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000154279  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 309 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  28.06 
 
 		 307 aa  109  5e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 308 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50160  LysR family transcriptional regulator protein  24.83 
 
 		 300 aa  108  8.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.07 
 
 		 300 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000020853  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2002  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.7 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0975568  hitchhiker  0.000333311 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  26.21 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  26.55 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.7 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  0.000037985 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1974  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.7 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00037862  normal  0.59258 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0923  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.12 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2686  LysR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 297 aa  106  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.524728 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2374  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.32 
 
 		 300 aa  106  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.27 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.89 
 
 		 300 aa  105  8e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000582492  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.89 
 
 		 300 aa  105  8e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000614587  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.89 
 
 		 300 aa  105  8e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000280359  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2137  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.02 
 
 		 300 aa  104  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543742  normal  0.0202004 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1757  transcriptional regulator, LysR family  25.72 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.187879 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2112  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.8 
 
 		 300 aa  103  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000406165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.63 
 
 		 300 aa  103  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0501585 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  102  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 299 aa  102  7e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  26.67 
 
 		 299 aa  102  7e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 297 aa  102  9e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 301 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  24.73 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1754  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.24 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000500899  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  25.09 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 320 aa  100  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2573  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.24 
 
 		 310 aa  100  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.922833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  24.21 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>