More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2112 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2112  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  623  1e-177  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000406165  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  85.95 
 
 		 300 aa  543  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000020853  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2013  putative DNA-binding transcriptional regulator  85 
 
 		 300 aa  540  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000422246  normal  0.025363 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2137  putative DNA-binding transcriptional regulator  84.28 
 
 		 300 aa  533  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543742  normal  0.0202004 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  81.94 
 
 		 300 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  82.27 
 
 		 300 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000614587  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  82.27 
 
 		 300 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000280359  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1974  putative DNA-binding transcriptional regulator  82.27 
 
 		 303 aa  522  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00037862  normal  0.59258 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  82.27 
 
 		 300 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000582492  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2002  putative DNA-binding transcriptional regulator  81.94 
 
 		 303 aa  521  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0975568  hitchhiker  0.000333311 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  81.94 
 
 		 303 aa  521  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  0.000037985 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  80.94 
 
 		 329 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000154279  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2374  putative DNA-binding transcriptional regulator  80.94 
 
 		 300 aa  513  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  76.59 
 
 		 300 aa  489  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0501585 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1805  putative DNA-binding transcriptional regulator  70.9 
 
 		 300 aa  461  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.524911  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1810  putative DNA-binding transcriptional regulator  67.89 
 
 		 300 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000533162  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0923  putative DNA-binding transcriptional regulator  69.57 
 
 		 300 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3032  putative DNA-binding transcriptional regulator  69.23 
 
 		 300 aa  443  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2194  putative DNA-binding transcriptional regulator  55.18 
 
 		 314 aa  357  1.9999999999999998e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.431967  hitchhiker  0.00000655137 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01630  predicted DNA-binding transcriptional regulator  54.18 
 
 		 310 aa  350  2e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1739  putative DNA-binding transcriptional regulator  54.18 
 
 		 310 aa  350  2e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  9.075529999999999e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01619  hypothetical protein  54.18 
 
 		 310 aa  350  2e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.85 
 
 		 310 aa  348  5e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0989364  normal  0.0522368 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1981  transcriptional regulator, LysR family  53.85 
 
 		 310 aa  348  5e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0211001  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1872  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.85 
 
 		 310 aa  348  5e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000144024  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1856  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.85 
 
 		 310 aa  348  5e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000498178  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1970  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.85 
 
 		 310 aa  348  5e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2371  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.85 
 
 		 310 aa  348  5e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000154931  normal  0.139857 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1525  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.85 
 
 		 310 aa  346  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1914  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.85 
 
 		 310 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000429246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1745  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.85 
 
 		 310 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000149858  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1539  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.85 
 
 		 310 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000412761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1562  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.51 
 
 		 310 aa  345  4e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000120122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1788  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.51 
 
 		 303 aa  343  2.9999999999999997e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  0.0111658 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1860  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.18 
 
 		 310 aa  334  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178979  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1754  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.18 
 
 		 310 aa  334  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000500899  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2573  putative DNA-binding transcriptional regulator  53.18 
 
 		 310 aa  334  1e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.922833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00415  putative DNA-binding transcriptional regulator  51.51 
 
 		 300 aa  331  7.000000000000001e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2532  putative DNA-binding transcriptional regulator  50.67 
 
 		 302 aa  323  2e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002036  hypothetical protein  49.5 
 
 		 300 aa  322  7e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4196  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191866 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03709  putative conserved protein  36.64 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03658  hypothetical protein  36.64 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 300 aa  202  4e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 297 aa  199  5e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 320 aa  198  9e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 297 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  34.6 
 
 		 300 aa  187  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  187  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 304 aa  185  9e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 335 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3146  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 309 aa  182  9.000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000598647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 342 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0347  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 310 aa  179  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00272  predicted DNA-bindng transcriptional regulator  30.88 
 
 		 310 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.477683  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3307  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 310 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0376  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 310 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.999602  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00275  hypothetical protein  30.88 
 
 		 310 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.498926  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0334  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 310 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3290  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 310 aa  178  8e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 297 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3118  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.87 
 
 		 308 aa  177  3e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151636 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00454  DNA-binding transcriptional activator of the allD operon  31.87 
 
 		 308 aa  176  4e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3108  transcriptional regulator, LysR family  31.87 
 
 		 308 aa  176  4e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0605  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.87 
 
 		 308 aa  176  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  30.74 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0541  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.87 
 
 		 308 aa  176  4e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0547  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.87 
 
 		 308 aa  176  5e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2932  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 317 aa  175  6e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  31.1 
 
 		 297 aa  175  9e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3124  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 317 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0578  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.5 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5474  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.361907  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1432  transcriptional regulator, MarR family  32.19 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.830157 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0563  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.39 
 
 		 308 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3009  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0568  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.39 
 
 		 308 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.673826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0622  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.39 
 
 		 308 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.19493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0561  DNA-binding transcriptional activator AllS  31.39 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.821285  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 297 aa  169  7e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4110  transcriptional regulator, MarR family  31.27 
 
 		 308 aa  168  8e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180794 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2890  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 326 aa  168  8e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.357452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3997  transcriptional regulator, MarR family  31.27 
 
 		 308 aa  168  8e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3030  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.503722  normal  0.316328 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1907  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 359 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>