More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4762 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  77.13 
 
 		 306 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  55.78 
 
 		 307 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 304 aa  253  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 309 aa  249  6e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 302 aa  246  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 309 aa  247  2e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 299 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 299 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 299 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  48.12 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  47.78 
 
 		 296 aa  246  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  45.24 
 
 		 307 aa  238  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  45.24 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 307 aa  236  4e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 307 aa  235  7e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 301 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 322 aa  215  7e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 322 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 303 aa  205  7e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 321 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 315 aa  185  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.15 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 341 aa  176  5e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2659  LysR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 199 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 326 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3401  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 207 aa  144  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.674925  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  33.45 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.76 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1776  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 283 aa  136  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  30.51 
 
 		 309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 303 aa  129  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  31.93 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5255  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.443087  normal  0.0197845 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  32.71 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 307 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 302 aa  125  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 307 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 300 aa  125  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 307 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 297 aa  125  9e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 307 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 297 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  31.93 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2686  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.524728 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50160  LysR family transcriptional regulator protein  33.6 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  30.95 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 296 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2325  transcriptional regulator, LysR family protein  31.49 
 
 		 309 aa  122  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 299 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 304 aa  122  9e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 303 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 304 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 304 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 304 aa  119  7e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 295 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 295 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 295 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 304 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  28.76 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  30.36 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2153  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.638305 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>