More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5292 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  604  9.999999999999999e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  59.33 
 
 		 303 aa  328  8e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  52.35 
 
 		 341 aa  293  2e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  41.41 
 
 		 296 aa  205  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 		 296 aa  205  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 306 aa  202  7e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  42.14 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 309 aa  189  5.999999999999999e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 322 aa  188  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 322 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  38.38 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 321 aa  168  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  37.26 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.47 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 307 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 299 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  33.67 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  33.67 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3018  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 296 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.402662  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5348  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 296 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0816999  normal  0.420046 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 306 aa  124  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4696  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.580635  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  30.13 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3401  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 207 aa  124  3e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.674925  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0300  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 311 aa  122  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4922  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 296 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 291 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 326 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0195  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 323 aa  119  7e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 292 aa  119  9e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 296 aa  119  9e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  30.98 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0055  hypothetical protein  28.31 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 292 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06260  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.308123  normal  0.145947 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0057  hypothetical protein  28.68 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  33.2 
 
 		 290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  29.96 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4156  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 301 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  34.73 
 
 		 309 aa  115  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 295 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 303 aa  115  7.999999999999999e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1712  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1349  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000462626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 304 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3727  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.837668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  29.85 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 292 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 305 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 291 aa  112  9e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  32.4 
 
 		 292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>