More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_06260 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_06260  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  614  1e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.308123  normal  0.145947 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  152  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 307 aa  135  9e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 299 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0055  hypothetical protein  30.3 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0057  hypothetical protein  30.03 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0178  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 315 aa  122  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 306 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 303 aa  122  9e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1776  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 283 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 309 aa  115  8.999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 307 aa  113  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 299 aa  112  7.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2849  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.794351  normal  0.971286 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.16 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  32.27 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  32.05 
 
 		 304 aa  109  7.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  32.4 
 
 		 307 aa  109  7.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.53 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 303 aa  107  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 297 aa  106  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 307 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  30.08 
 
 		 309 aa  105  7e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4333  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 302 aa  103  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 304 aa  102  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2290  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 304 aa  102  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000611943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2362  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 304 aa  102  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0454134  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2480  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 304 aa  102  6e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1754  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.68 
 
 		 310 aa  102  7e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000500899  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2573  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.68 
 
 		 310 aa  102  8e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.922833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  30.38 
 
 		 309 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1860  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.68 
 
 		 310 aa  102  8e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178979  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 309 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3593  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.480915  normal  0.520178 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3496  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.149256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3426  transcriptional regulator, LysR family  29.6 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0409161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3423  transcriptional regulator, LysR family  29.6 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3530  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.24524  normal  0.157223 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0596  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3295  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4420  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0786567 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0591  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3403  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02974  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.24 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0478  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  100  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 315 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02925  hypothetical protein  29.24 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0542  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  100  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3580  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1117  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  100  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 304 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3558  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.755428 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0736  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.54796  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0518  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 298 aa  99  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 299 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3521  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.81702  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2686  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  99  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.524728 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 299 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 299 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 313 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0923  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.5 
 
 		 300 aa  98.2  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 322 aa  97.4  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.31 
 
 		 329 aa  97.4  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000154279  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2112  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.2 
 
 		 300 aa  97.1  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000406165  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2374  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.71 
 
 		 300 aa  97.1  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2002  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.31 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0975568  hitchhiker  0.000333311 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.31 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  0.000037985 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1974  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.31 
 
 		 303 aa  96.7  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00037862  normal  0.59258 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.91 
 
 		 300 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000582492  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.91 
 
 		 300 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000280359  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.91 
 
 		 300 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000614587  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.91 
 
 		 300 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>