More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2973 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2849  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 296 aa  247  2e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.794351  normal  0.971286 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 299 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 299 aa  243  3e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 299 aa  242  5e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 296 aa  242  7e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 		 299 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 299 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 299 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 300 aa  238  8e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1776  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 283 aa  142  9e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 322 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 307 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.47 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 307 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 307 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0178  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 315 aa  119  7.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  25.58 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.41 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 315 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  28.77 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  26.25 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 301 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 303 aa  112  7.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 321 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 309 aa  109  5e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  26.37 
 
 		 307 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2153  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.638305 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0057  hypothetical protein  25.17 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0055  hypothetical protein  25.17 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06260  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 312 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.308123  normal  0.145947 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  25.7 
 
 		 307 aa  105  9e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3558  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 298 aa  103  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.755428 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  27.65 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1789  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 313 aa  103  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2021  LysR family transcriptional regulator  23.34 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 303 aa  103  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 303 aa  102  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 302 aa  102  8e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 302 aa  102  8e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 302 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  24.33 
 
 		 301 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3521  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.81702  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50160  LysR family transcriptional regulator protein  25.35 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1875  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 307 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1933  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0399555 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2686  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.524728 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 306 aa  99.4  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3395  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 298 aa  99.4  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0478  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.19 
 
 		 297 aa  99  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0542  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 297 aa  99  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1117  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  28.19 
 
 		 297 aa  99  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 304 aa  98.2  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  27.2 
 
 		 309 aa  99  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  98.2  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2480  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 304 aa  97.4  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0518  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 298 aa  97.4  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4464  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 290 aa  98.2  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 304 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2290  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 304 aa  97.4  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000611943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2362  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 304 aa  97.4  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0454134  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 294 aa  97.4  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05788  transcriptional regulator  28.29 
 
 		 295 aa  97.1  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2325  transcriptional regulator, LysR family protein  27.95 
 
 		 309 aa  97.1  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 304 aa  96.7  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  24.71 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3593  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.480915  normal  0.520178 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0736  transcriptional regulator, LysR family  27.73 
 
 		 298 aa  96.7  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.54796  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3496  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 298 aa  95.9  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.149256  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>