More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2021 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2021  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  74.41 
 
 		 299 aa  456  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 302 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 303 aa  434  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 302 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 302 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  71.09 
 
 		 302 aa  432  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  71.77 
 
 		 302 aa  431  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  70.07 
 
 		 300 aa  431  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  70.41 
 
 		 300 aa  432  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  70.07 
 
 		 300 aa  430  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  68.71 
 
 		 303 aa  427  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  69.73 
 
 		 299 aa  422  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  69.05 
 
 		 324 aa  419  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  67.35 
 
 		 301 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1789  LysR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 313 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  41.64 
 
 		 309 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 309 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 306 aa  241  7e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 307 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 307 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 307 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 307 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  43.01 
 
 		 303 aa  237  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.03 
 
 		 307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 307 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 307 aa  220  3e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0700  putative transcriptional regulator  42.95 
 
 		 326 aa  211  9e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  40.99 
 
 		 307 aa  209  7e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1757  transcriptional regulator, LysR family  40.43 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.187879 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  33.71 
 
 		 310 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2592  putative transcriptional regulator  34.08 
 
 		 312 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4464  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50160  LysR family transcriptional regulator protein  29.23 
 
 		 300 aa  132  9e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5255  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.443087  normal  0.0197845 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1027  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.361847  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3030  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.503722  normal  0.316328 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1784  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 312 aa  115  7.999999999999999e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  26.41 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  28.41 
 
 		 314 aa  113  3e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1984  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 312 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.482578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 307 aa  112  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2089  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 298 aa  112  6e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  27.76 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 304 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  25.85 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2465  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 298 aa  109  4.0000000000000004e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 296 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2406  LysR substrate binding domain-containing protein  30.2 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2247  LysR substrate binding domain protein  30.2 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160886  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2153  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.638305 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2294  LysR substrate binding domain-containing protein  30.2 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0349652 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2296  LysR substrate binding domain protein  30.2 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0629525 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2193  LysR substrate binding domain protein  30.2 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.453125  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  26.96 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1875  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 299 aa  109  6e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01918  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.35 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.577058  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2290  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000611943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2362  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0454134  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01904  hypothetical protein  28.35 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.444507  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2480  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2629  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0897024  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 297 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  28.98 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1044  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 309 aa  106  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2949  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 309 aa  106  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.666822  hitchhiker  0.000000000477709 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2153  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 309 aa  106  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  26.46 
 
 		 315 aa  106  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1642  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 316 aa  105  7e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0837368  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  26.79 
 
 		 297 aa  105  8e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03709  putative conserved protein  27.21 
 
 		 298 aa  105  9e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1217  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 309 aa  105  9e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.50196  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03658  hypothetical protein  27.21 
 
 		 298 aa  105  9e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4196  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 298 aa  105  9e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191866 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 297 aa  105  9e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1625  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 309 aa  105  9e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.27656 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2306  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 309 aa  105  9e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.666046  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>