More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2592 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2592  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  642    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2021  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 303 aa  159  6e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1789  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 313 aa  150  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  31.21 
 
 		 324 aa  149  7e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 299 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  31.05 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  28.8 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 307 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.57 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 308 aa  135  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  29.24 
 
 		 309 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 309 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1757  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 310 aa  125  9e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.187879 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  29.43 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1027  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 294 aa  116  6e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.361847  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 297 aa  106  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5255  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.443087  normal  0.0197845 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 306 aa  102  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0700  putative transcriptional regulator  29.28 
 
 		 326 aa  100  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 303 aa  100  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 297 aa  99.4  6e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 297 aa  99  9e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 297 aa  98.2  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  30.86 
 
 		 314 aa  98.6  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 306 aa  95.9  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 306 aa  94.7  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05788  transcriptional regulator  28.2 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  24.76 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 297 aa  89.4  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 306 aa  89.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000157  transcriptional regulator LysR family  27.07 
 
 		 295 aa  89  9e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0204379  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2406  LysR substrate binding domain-containing protein  31.19 
 
 		 304 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2089  transcriptional regulator, LysR family  25.69 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 304 aa  88.2  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2294  LysR substrate binding domain-containing protein  31.19 
 
 		 304 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0349652 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2193  LysR substrate binding domain protein  31.19 
 
 		 304 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.453125  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2247  LysR substrate binding domain protein  31.19 
 
 		 304 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160886  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2296  LysR substrate binding domain protein  31.19 
 
 		 304 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0629525 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  26.8 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 322 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2629  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0897024  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0518  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1642  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0837368  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1625  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 309 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.27656 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  27.99 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2306  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 309 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.666046  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1217  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 		 309 aa  84  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.50196  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2153  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01918  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.11 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.577058  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1044  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01904  hypothetical protein  27.11 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.444507  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2932  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 317 aa  83.2  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 342 aa  83.2  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2849  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.794351  normal  0.971286 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2949  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 309 aa  82.4  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.666822  hitchhiker  0.000000000477709 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 335 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 359 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  24.26 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2902  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.374405  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>