More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1614 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  610  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  99.33 
 
 		 299 aa  608  1e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  95.99 
 
 		 299 aa  590  1e-167  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  91.95 
 
 		 298 aa  564  1e-160  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  83.45 
 
 		 299 aa  518  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  83.45 
 
 		 299 aa  517  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  84.35 
 
 		 296 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  83.16 
 
 		 300 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  83.45 
 
 		 299 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2849  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 296 aa  257  1e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.794351  normal  0.971286 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 297 aa  243  3e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 296 aa  155  7e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1776  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 306 aa  135  6.0000000000000005e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06260  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.308123  normal  0.145947 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0057  hypothetical protein  30.46 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0055  hypothetical protein  30.13 
 
 		 302 aa  132  9e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 315 aa  129  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 322 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0178  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  31.78 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  30.1 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 306 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 322 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3018  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.402662  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5348  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0816999  normal  0.420046 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0300  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  33 
 
 		 307 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4922  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 296 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 309 aa  119  7.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4696  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.580635  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0736  transcriptional regulator, LysR family  31.78 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.54796  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  29.8 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  28.08 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.49 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0518  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.32 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3558  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.755428 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3593  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 298 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.480915  normal  0.520178 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1642  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 316 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0837368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1625  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 309 aa  112  9e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.27656 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01918  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.42 
 
 		 309 aa  112  9e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.577058  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1217  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 309 aa  112  9e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.50196  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01904  hypothetical protein  32.42 
 
 		 309 aa  112  9e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.444507  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2306  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 309 aa  112  9e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.666046  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0542  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0478  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.66 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3423  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1117  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  31.66 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3530  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.24524  normal  0.157223 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3426  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0409161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2153  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3496  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.149256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1044  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3521  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.81702  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  30.64 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2949  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.666822  hitchhiker  0.000000000477709 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3395  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 303 aa  110  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002036  hypothetical protein  28.17 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 309 aa  109  4.0000000000000004e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4333  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.243305 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0596  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0591  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2629  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 309 aa  109  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0897024  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4420  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0786567 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3295  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3580  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 298 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>