More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3283 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  593  1e-168  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 299 aa  159  6e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 299 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 299 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 300 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 299 aa  155  7e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 299 aa  155  9e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 298 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1776  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 283 aa  152  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06260  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 312 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.308123  normal  0.145947 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2849  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.794351  normal  0.971286 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0055  hypothetical protein  31.14 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0057  hypothetical protein  30.8 
 
 		 302 aa  138  8.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0178  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 315 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  31.56 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2686  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 297 aa  134  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.524728 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1933  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0399555 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2325  transcriptional regulator, LysR family protein  32.27 
 
 		 309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50160  LysR family transcriptional regulator protein  31.21 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2480  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2290  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000611943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2362  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0454134  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 322 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 304 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1875  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2153  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 301 aa  124  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.638305 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 299 aa  122  8e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  28.87 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 300 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  29.07 
 
 		 307 aa  119  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  29.62 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 307 aa  119  7e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 307 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 306 aa  119  9e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  31.07 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 304 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 306 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 341 aa  115  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 303 aa  114  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  28.83 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 297 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 305 aa  112  9e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1805  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.95 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.524911  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2021  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  28.21 
 
 		 309 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 307 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1757  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 310 aa  108  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.187879 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.21 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000582492  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000280359  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000614587  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.46 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  0.000037985 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>