More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1388 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  592  1e-168  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  60.27 
 
 		 297 aa  391  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  60.27 
 
 		 297 aa  381  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  55.59 
 
 		 306 aa  339  4e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  57.63 
 
 		 320 aa  328  5.0000000000000004e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 297 aa  326  3e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 297 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  55.25 
 
 		 297 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  55.25 
 
 		 297 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  55.25 
 
 		 297 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  54.92 
 
 		 297 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  55.93 
 
 		 297 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  55.59 
 
 		 297 aa  317  1e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 300 aa  297  1e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 306 aa  248  8e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 299 aa  231  8.000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 306 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 302 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 302 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 302 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 302 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 312 aa  218  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 359 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 302 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  43.37 
 
 		 306 aa  214  9.999999999999999e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 335 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1489  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6340  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  43.01 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 342 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 320 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  41.96 
 
 		 300 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  41.96 
 
 		 300 aa  206  5e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 320 aa  203  4e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 320 aa  203  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01918  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.15 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.577058  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01904  hypothetical protein  39.15 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.444507  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2949  transcriptional regulator, LysR family  38.79 
 
 		 309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.666822  hitchhiker  0.000000000477709 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2153  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1044  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.141419 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1642  transcriptional regulator, LysR family  38.79 
 
 		 316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0837368  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1217  transcriptional regulator, LysR family  38.79 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.50196  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2306  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.666046  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1625  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.27656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2406  LysR substrate binding domain-containing protein  38.43 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2247  LysR substrate binding domain protein  38.43 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160886  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2294  LysR substrate binding domain-containing protein  38.43 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0349652 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2296  LysR substrate binding domain protein  38.43 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0629525 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2193  LysR substrate binding domain protein  38.43 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.453125  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  39.36 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  36.4 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1432  transcriptional regulator, MarR family  39.25 
 
 		 307 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.830157 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4099  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 325 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296149  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2629  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 309 aa  188  8e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0897024  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3009  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3250  MarR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.99864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4267  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.287329  normal  0.303303 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1739  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.133946  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5474  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.361907  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3997  transcriptional regulator, MarR family  38.6 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4110  transcriptional regulator, MarR family  38.6 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180794 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4168  MarR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0180003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2902  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 319 aa  179  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.374405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05788  transcriptional regulator  35.57 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3695  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 305 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2194  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.62 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.431967  hitchhiker  0.00000655137 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2002  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.2 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0975568  hitchhiker  0.000333311 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.2 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  0.000037985 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2932  LysR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 317 aa  172  6.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.86 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000157  transcriptional regulator LysR family  33.67 
 
 		 295 aa  172  7.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0204379  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1754  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.57 
 
 		 310 aa  172  7.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000500899  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.69 
 
 		 300 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0501585 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.86 
 
 		 300 aa  172  9e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000582492  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.86 
 
 		 300 aa  172  9e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000614587  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.86 
 
 		 300 aa  172  9e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000280359  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2374  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.1 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1860  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.57 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178979  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2573  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.57 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.922833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00415  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1907  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 312 aa  170  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1974  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.3 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00037862  normal  0.59258 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.16 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000020853  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2532  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.75 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.06 
 
 		 329 aa  169  4e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000154279  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002036  hypothetical protein  32.51 
 
 		 300 aa  169  7e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2112  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.91 
 
 		 300 aa  169  7e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000406165  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0518  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 295 aa  168  8e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4846  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.44 
 
 		 306 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1810  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.86 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000533162  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3030  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 315 aa  165  9e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.503722  normal  0.316328 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>