More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2290 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2290  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  617  1e-176  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000611943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2362  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  617  1e-176  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0454134  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2480  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  617  1e-176  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  97.04 
 
 		 304 aa  598  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  93.09 
 
 		 304 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  93.09 
 
 		 304 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  93.09 
 
 		 304 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  93.09 
 
 		 304 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  93.09 
 
 		 304 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  86.18 
 
 		 304 aa  534  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2325  transcriptional regulator, LysR family protein  83.5 
 
 		 309 aa  527  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1875  LysR family transcriptional regulator  85.22 
 
 		 299 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2153  LysR family transcriptional regulator  82.88 
 
 		 301 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.638305 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  83.22 
 
 		 309 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2686  LysR family transcriptional regulator  80.74 
 
 		 297 aa  495  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.524728 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1933  LysR family transcriptional regulator  79.32 
 
 		 301 aa  489  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0399555 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50160  LysR family transcriptional regulator protein  51.39 
 
 		 300 aa  303  3.0000000000000004e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2465  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 309 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  30.98 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 303 aa  139  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.9 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 307 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 307 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 307 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 303 aa  135  8e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 301 aa  133  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 312 aa  133  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  29.19 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 342 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 306 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  29.35 
 
 		 324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  32.57 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 304 aa  125  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 302 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 335 aa  125  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 306 aa  125  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  31.68 
 
 		 359 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  31.64 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 300 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 320 aa  122  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1907  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 312 aa  122  8e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1789  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 303 aa  116  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3030  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.503722  normal  0.316328 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01918  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.24 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.577058  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01904  hypothetical protein  27.24 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.444507  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1489  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6340  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4846  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.27 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1984  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 312 aa  113  3e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.482578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 304 aa  113  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1757  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.187879 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1044  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2153  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2949  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 309 aa  113  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.666822  hitchhiker  0.000000000477709 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2902  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 319 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.374405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 307 aa  112  8.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  32.11 
 
 		 294 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.46 
 
 		 301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>