More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4563 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  598  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  59.33 
 
 		 306 aa  328  8e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 341 aa  258  7e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 304 aa  208  8e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  43.4 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  43.06 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  43.96 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  42.56 
 
 		 322 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 322 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  38.91 
 
 		 307 aa  177  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 307 aa  175  7e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 299 aa  159  5e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 321 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 313 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.78 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  35.63 
 
 		 315 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 311 aa  136  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 307 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1875  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 299 aa  132  5e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2290  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000611943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2362  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0454134  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2480  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 326 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 300 aa  126  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  32.19 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  29.15 
 
 		 309 aa  122  7e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06260  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 312 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.308123  normal  0.145947 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2325  transcriptional regulator, LysR family protein  29.15 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  31.27 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0057  hypothetical protein  28.04 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0055  hypothetical protein  28.57 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2686  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.524728 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  34.1 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  32.69 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2153  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.638305 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4696  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.580635  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  30.99 
 
 		 302 aa  112  5e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 297 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3018  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.402662  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5348  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0816999  normal  0.420046 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0178  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1776  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 283 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3401  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 207 aa  109  5e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.674925  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1933  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0399555 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 302 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4922  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 296 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0300  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 303 aa  107  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 307 aa  107  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  29.77 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>