More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2193 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 299 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 302 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 302 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 302 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  74.67 
 
 		 302 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  73.99 
 
 		 302 aa  462  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  73.65 
 
 		 300 aa  462  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  73.65 
 
 		 300 aa  462  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  73.65 
 
 		 300 aa  462  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  74.32 
 
 		 303 aa  457  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  73.47 
 
 		 324 aa  457  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2021  LysR family transcriptional regulator  69.73 
 
 		 299 aa  422  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  71.09 
 
 		 299 aa  418  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  68.92 
 
 		 301 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  65.2 
 
 		 303 aa  402  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1789  LysR family transcriptional regulator  53.22 
 
 		 313 aa  316  3e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  42.28 
 
 		 309 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 309 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 306 aa  246  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 307 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.28 
 
 		 307 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 307 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 307 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 307 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 307 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 308 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0700  putative transcriptional regulator  44.64 
 
 		 326 aa  230  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 307 aa  230  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  40.54 
 
 		 307 aa  209  3e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1757  transcriptional regulator, LysR family  40.35 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.187879 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  37.37 
 
 		 304 aa  189  5.999999999999999e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 310 aa  155  6e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2592  putative transcriptional regulator  28.8 
 
 		 312 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 304 aa  135  8e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 304 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 304 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2153  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.638305 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2480  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4464  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2290  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000611943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2362  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0454134  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2325  transcriptional regulator, LysR family protein  28.72 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50160  LysR family transcriptional regulator protein  31.11 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1875  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5255  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.443087  normal  0.0197845 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  27.15 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2686  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.524728 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2089  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 298 aa  122  9e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.24 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1933  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0399555 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  28.77 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1027  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 		 294 aa  116  5e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.361847  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  28.35 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  28.46 
 
 		 314 aa  113  5e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05788  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1984  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.482578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1784  transcriptional regulator, LysR family  26.85 
 
 		 312 aa  108  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  28.17 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  29.2 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 300 aa  106  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2296  LysR substrate binding domain protein  29.3 
 
 		 304 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0629525 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  30.62 
 
 		 359 aa  106  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2294  LysR substrate binding domain-containing protein  29.3 
 
 		 304 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0349652 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 297 aa  106  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2247  LysR substrate binding domain protein  29.3 
 
 		 304 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160886  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2406  LysR substrate binding domain-containing protein  29.3 
 
 		 304 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2193  LysR substrate binding domain protein  29.3 
 
 		 304 aa  106  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.453125  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 306 aa  105  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01918  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.12 
 
 		 309 aa  105  9e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.577058  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 313 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01904  hypothetical protein  29.12 
 
 		 309 aa  105  9e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.444507  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 320 aa  105  9e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0736  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.54796  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0518  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2949  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.666822  hitchhiker  0.000000000477709 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>