More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_4464 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_4464  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 290 aa  590  1e-167  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2089  transcriptional regulator, LysR family  55.17 
 
 		 298 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 307 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  37.72 
 
 		 309 aa  171  9e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5255  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 298 aa  169  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.443087  normal  0.0197845 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0700  putative transcriptional regulator  42.44 
 
 		 326 aa  168  7e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 307 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 307 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 306 aa  165  6.9999999999999995e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.64 
 
 		 307 aa  161  9e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 303 aa  157  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2021  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1757  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.187879 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  31.67 
 
 		 307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 299 aa  145  9e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1789  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  32.09 
 
 		 324 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  30.69 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  31.29 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 299 aa  109  6e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 359 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2153  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 301 aa  102  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.638305 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50160  LysR family transcriptional regulator protein  28.42 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 306 aa  101  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2686  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.524728 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 300 aa  99  8e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2465  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 297 aa  98.2  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.2 
 
 		 302 aa  96.3  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 301 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 304 aa  95.5  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 309 aa  95.1  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 306 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 320 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 306 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  24.24 
 
 		 309 aa  93.6  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 300 aa  93.2  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 304 aa  93.2  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 304 aa  93.2  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1875  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 299 aa  93.6  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  27.54 
 
 		 294 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 304 aa  93.2  5e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 342 aa  92.8  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 302 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2290  LysR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 304 aa  92.8  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000611943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2362  LysR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 304 aa  92.8  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0454134  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 302 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2480  LysR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 304 aa  92.8  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  25.74 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3477  LysR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 313 aa  90.9  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.496737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 304 aa  90.9  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 291 aa  90.5  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  27.12 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 320 aa  89.7  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 320 aa  89.7  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 312 aa  89.4  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 294 aa  89.4  6e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3395  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 321 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2325  transcriptional regulator, LysR family protein  24.31 
 
 		 309 aa  88.6  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3124  transcriptional regulator, LysR family  27.73 
 
 		 317 aa  87.4  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151908  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 307 aa  86.7  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2247  LysR substrate binding domain protein  28.33 
 
 		 304 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160886  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2296  LysR substrate binding domain protein  28.22 
 
 		 304 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0629525 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2193  LysR substrate binding domain protein  28.33 
 
 		 304 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.453125  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2406  LysR substrate binding domain-containing protein  28.33 
 
 		 304 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2294  LysR substrate binding domain-containing protein  28.33 
 
 		 304 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0349652 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  31.84 
 
 		 341 aa  86.7  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  27.1 
 
 		 307 aa  86.3  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0923  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.19 
 
 		 300 aa  86.3  5e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 335 aa  86.3  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 313 aa  86.3  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 304 aa  85.9  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 302 aa  85.5  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>