More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4296 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  614  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 309 aa  326  3e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  57 
 
 		 296 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  57.34 
 
 		 296 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 301 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 307 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 307 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  47 
 
 		 301 aa  245  8e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  46.1 
 
 		 307 aa  241  1e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  45.52 
 
 		 307 aa  238  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  44.83 
 
 		 307 aa  236  3e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 309 aa  233  3e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 301 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 306 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 299 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 299 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 299 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 322 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 322 aa  216  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 303 aa  208  8e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3401  LysR family transcriptional regulator  52.82 
 
 		 207 aa  206  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.674925  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 306 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2659  LysR family transcriptional regulator  53.37 
 
 		 199 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 299 aa  192  7e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 		 341 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 321 aa  186  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 313 aa  185  9e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 315 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.25 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 304 aa  162  9e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 326 aa  155  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  35.66 
 
 		 294 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  34.97 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 297 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 297 aa  142  5e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 296 aa  139  7e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 290 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  31.21 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  34.26 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 296 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 291 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  33.07 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.44 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 303 aa  126  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  32.3 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  28.01 
 
 		 302 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  29.69 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 295 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0601  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 295 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  27.33 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  31.25 
 
 		 324 aa  124  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 307 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 300 aa  123  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 307 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 300 aa  123  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 292 aa  122  7e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2021  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 283 aa  119  7e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2662  LysR family transcriptional regulator  63.16 
 
 		 100 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.320536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  30.56 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>