More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0537 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  92.23 
 
 		 301 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  92.23 
 
 		 296 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  90.54 
 
 		 297 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 300 aa  447  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  74.06 
 
 		 294 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  73.04 
 
 		 294 aa  431  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  69.55 
 
 		 295 aa  401  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  37.81 
 
 		 297 aa  195  7e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 292 aa  192  7e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 293 aa  182  8.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 326 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 296 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 297 aa  169  7e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  168  8e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  38.33 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 304 aa  155  9e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 295 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  34.41 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  36.48 
 
 		 292 aa  152  8e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 304 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 292 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  32.97 
 
 		 315 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  32.86 
 
 		 290 aa  151  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  35.31 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 294 aa  147  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 307 aa  146  5e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 309 aa  145  8.000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  38.41 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 283 aa  142  5e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  33.56 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 293 aa  139  7e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 292 aa  136  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 299 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 299 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 299 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2262  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 322 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  28.27 
 
 		 287 aa  132  6e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 290 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3513  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 284 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 322 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3411  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 296 aa  129  6e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 303 aa  129  8.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 321 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 287 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 287 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 287 aa  125  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.83 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2730  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  32.41 
 
 		 292 aa  123  5e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1330  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.41 
 
 		 292 aa  123  5e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1442  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 292 aa  122  6e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3300  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 288 aa  121  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2415  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.535786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0155  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 307 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0137  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 307 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2083  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.163485  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0697  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>