More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2324 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  77.13 
 
 		 301 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  56.9 
 
 		 307 aa  318  5e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 302 aa  254  9e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 299 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 299 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 299 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 309 aa  245  6e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  45.55 
 
 		 307 aa  245  8e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  45.55 
 
 		 307 aa  244  9e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  45.21 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 307 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  45.39 
 
 		 296 aa  235  7e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  45.73 
 
 		 296 aa  235  7e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 309 aa  233  3e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 322 aa  216  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 		 322 aa  212  7e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 299 aa  202  6e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 306 aa  202  7e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 321 aa  189  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.85 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  40.93 
 
 		 341 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 307 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2659  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 199 aa  152  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.11 
 
 		 307 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3401  LysR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 207 aa  143  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.674925  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 307 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 303 aa  139  6e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 307 aa  139  7.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 307 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 307 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  30.66 
 
 		 309 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  34.2 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  29.61 
 
 		 310 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1776  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5255  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.443087  normal  0.0197845 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  32.7 
 
 		 324 aa  126  5e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  31.91 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 326 aa  125  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 306 aa  125  9e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 297 aa  123  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 296 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06260  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 312 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.308123  normal  0.145947 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 304 aa  122  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 292 aa  122  7e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 298 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 311 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3018  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.402662  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1789  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 313 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5348  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0816999  normal  0.420046 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3530  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.24524  normal  0.157223 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3423  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3496  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.149256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3426  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0409161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  33.22 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0300  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>