242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2659 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2659  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 199 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3401  LysR family transcriptional regulator  54.87 
 
 		 207 aa  214  8e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.674925  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  56.02 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  56.02 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  53.37 
 
 		 304 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 309 aa  190  1e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 302 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  46.07 
 
 		 307 aa  167  7e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 299 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 299 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  42.49 
 
 		 299 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  46.07 
 
 		 307 aa  158  5e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  46.07 
 
 		 307 aa  158  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  43.46 
 
 		 301 aa  154  7e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 306 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  43.46 
 
 		 307 aa  152  4e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 307 aa  144  9e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 301 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 322 aa  131  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  36.13 
 
 		 322 aa  125  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 306 aa  106  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 303 aa  103  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 315 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  37.74 
 
 		 341 aa  102  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 313 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 321 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 307 aa  95.1  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 299 aa  90.1  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.08 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 299 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  26.11 
 
 		 299 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 296 aa  68.6  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  25.38 
 
 		 309 aa  68.2  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 299 aa  67  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.51 
 
 		 307 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 310 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1180  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 81 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.549703  normal  0.17392 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 326 aa  65.1  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  24.87 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2021  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3018  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.402662  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5348  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0816999  normal  0.420046 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 308 aa  62  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 306 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5918  regulatory protein, LysR  44.78 
 
 		 114 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50160  LysR family transcriptional regulator protein  29.69 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5553  regulatory protein, LysR  44.78 
 
 		 114 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4922  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 297 aa  59.3  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 296 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4696  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 296 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.580635  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 307 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 307 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 307 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 307 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 301 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 296 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 297 aa  58.2  0.00000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 307 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 297 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0178  LysR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 315 aa  57.8  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  23.37 
 
 		 297 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 295 aa  57  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0300  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 296 aa  57  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 307 aa  57  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 301 aa  57  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2849  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 296 aa  57  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.794351  normal  0.971286 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2194  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.72 
 
 		 314 aa  56.2  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.431967  hitchhiker  0.00000655137 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  25 
 
 		 297 aa  56.2  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 312 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 306 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 297 aa  55.5  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 303 aa  55.1  0.0000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  27.41 
 
 		 359 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 292 aa  54.7  0.0000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 307 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 300 aa  54.3  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2686  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 297 aa  54.3  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.524728 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 292 aa  54.3  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 306 aa  54.7  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>