More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_1996 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 296 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  99.66 
 
 		 296 aa  580  1e-164  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  57 
 
 		 304 aa  327  1.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 309 aa  323  2e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  47.78 
 
 		 301 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 299 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 299 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 299 aa  242  5e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  44.03 
 
 		 307 aa  241  1e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 301 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 307 aa  238  5.999999999999999e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 306 aa  238  8e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  47.46 
 
 		 307 aa  237  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 309 aa  235  9e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  46.78 
 
 		 307 aa  234  9e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  46.78 
 
 		 307 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3401  LysR family transcriptional regulator  61.34 
 
 		 207 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.674925  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 322 aa  221  8e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 322 aa  215  7e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 299 aa  209  3e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 306 aa  208  9e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2659  LysR family transcriptional regulator  56.02 
 
 		 199 aa  203  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 313 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 321 aa  186  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.31 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 304 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 326 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.78 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  31.74 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 284 aa  129  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  32.75 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 308 aa  125  7e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 295 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 302 aa  125  9e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  28.72 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  29.47 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  32.63 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 302 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  32.76 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  31.78 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 292 aa  123  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 291 aa  123  4e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  31.27 
 
 		 302 aa  122  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 295 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 295 aa  122  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  122  7e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 303 aa  122  7e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2662  LysR family transcriptional regulator  63.54 
 
 		 100 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.320536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 303 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 295 aa  119  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  28.42 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>