More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2662 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2662  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 100 aa  196  9e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.320536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  63.16 
 
 		 304 aa  117  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  63.54 
 
 		 296 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  64.58 
 
 		 296 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  56.38 
 
 		 306 aa  106  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  56.38 
 
 		 309 aa  103  8e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  56.38 
 
 		 303 aa  102  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 311 aa  101  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  57.89 
 
 		 322 aa  101  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  56.84 
 
 		 322 aa  99  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  54.44 
 
 		 326 aa  98.2  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  52.75 
 
 		 307 aa  97.4  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 304 aa  97.1  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  57.78 
 
 		 307 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  61.43 
 
 		 292 aa  95.1  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  56.67 
 
 		 307 aa  94.4  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  54.12 
 
 		 291 aa  92  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  52.94 
 
 		 292 aa  92  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  56.67 
 
 		 307 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 313 aa  92  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  47.87 
 
 		 341 aa  90.5  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  51.76 
 
 		 290 aa  90.1  9e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  51.65 
 
 		 304 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 295 aa  88.6  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 292 aa  89  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 		 301 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 292 aa  89.4  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 307 aa  88.6  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  54.12 
 
 		 295 aa  88.6  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 295 aa  88.2  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 305 aa  87.8  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 296 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 306 aa  87.4  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  52.94 
 
 		 295 aa  87.8  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  53.93 
 
 		 302 aa  87  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 321 aa  86.7  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  50.57 
 
 		 297 aa  86.3  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  48.86 
 
 		 291 aa  85.9  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  54.32 
 
 		 298 aa  85.9  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 301 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  54.17 
 
 		 301 aa  85.5  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  56.47 
 
 		 302 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  47.13 
 
 		 292 aa  85.1  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  52.75 
 
 		 294 aa  84.3  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.67 
 
 		 302 aa  84.3  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  54.44 
 
 		 295 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 302 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 296 aa  84  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  60.56 
 
 		 297 aa  84  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  52.22 
 
 		 302 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  48.89 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  51.65 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  60.56 
 
 		 302 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 306 aa  82  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4922  LysR family transcriptional regulator  50.57 
 
 		 296 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  47.13 
 
 		 315 aa  82  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 290 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 284 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3018  LysR family transcriptional regulator  50.57 
 
 		 296 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.402662  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5348  LysR family transcriptional regulator  50.57 
 
 		 296 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0816999  normal  0.420046 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 307 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  47.67 
 
 		 315 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0601  LysR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 304 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 294 aa  80.1  0.000000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 296 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0300  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4696  LysR family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.580635  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 313 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 293 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  45.88 
 
 		 292 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  53.52 
 
 		 297 aa  77.4  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  45.16 
 
 		 292 aa  77.4  0.00000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2415  LysR family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 284 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.535786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0922  LysR family transcriptional regulator  61.29 
 
 		 294 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.534573  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 303 aa  76.6  0.00000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1028  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1068  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1026  LysR family transcriptional regulator  49.44 
 
 		 292 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  49.46 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  48.19 
 
 		 297 aa  75.1  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 296 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 299 aa  74.3  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 292 aa  74.3  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  54.69 
 
 		 287 aa  73.9  0.0000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 301 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 296 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3411  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 296 aa  73.6  0.0000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  54.29 
 
 		 283 aa  73.2  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2730  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  50 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 300 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5696  LysR family transcriptional regulator  56.16 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1349  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000462626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2262  LysR family transcriptional regulator  44.94 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3513  LysR family transcriptional regulator  44.94 
 
 		 284 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1330  LysR family substrate binding transcriptional regulator  50 
 
 		 292 aa  72.4  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>