More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5540 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  645    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  88.67 
 
 		 315 aa  560  1e-158  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  89.49 
 
 		 307 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  88.04 
 
 		 321 aa  545  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  66.67 
 
 		 302 aa  408  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 302 aa  197  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 309 aa  192  5e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5918  regulatory protein, LysR  81.08 
 
 		 114 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5553  regulatory protein, LysR  80.18 
 
 		 114 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  42.59 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 304 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 301 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  36.15 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 309 aa  162  5.0000000000000005e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  34.08 
 
 		 322 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 307 aa  155  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  32.96 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  33.2 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  32.81 
 
 		 294 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 299 aa  126  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  29.24 
 
 		 304 aa  125  8.000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3727  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.837668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 299 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4156  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1712  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 292 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 292 aa  119  6e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1789  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 313 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1776  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 283 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3401  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 207 aa  116  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.674925  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 302 aa  115  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  27.31 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 307 aa  112  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.03 
 
 		 307 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  26.21 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 309 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  31.5 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 303 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  27.63 
 
 		 324 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 295 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 301 aa  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5255  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.443087  normal  0.0197845 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 296 aa  107  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 320 aa  106  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 302 aa  106  7e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 292 aa  105  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0300  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 296 aa  105  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  26.67 
 
 		 299 aa  105  9e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>