More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1734 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 341 aa  679    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  53 
 
 		 306 aa  296  3e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  49.68 
 
 		 303 aa  261  8.999999999999999e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 		 296 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  41.33 
 
 		 296 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 309 aa  192  8e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 304 aa  189  7e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 322 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  40.53 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  40.3 
 
 		 322 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  37.12 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  37.74 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  38.58 
 
 		 315 aa  164  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 301 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 307 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.8 
 
 		 302 aa  152  8e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 299 aa  148  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 307 aa  146  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 296 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  34.34 
 
 		 307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3018  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.402662  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5348  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0816999  normal  0.420046 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 299 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0300  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 296 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4696  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.580635  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4922  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 296 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 326 aa  119  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 303 aa  119  9e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 310 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3401  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 207 aa  117  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.674925  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 291 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0055  hypothetical protein  28.9 
 
 		 302 aa  115  7.999999999999999e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0057  hypothetical protein  29.23 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  31.71 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  32.57 
 
 		 294 aa  112  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0155  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 		 307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1789  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  31.6 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0195  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3477  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.496737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0137  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  28.05 
 
 		 324 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 300 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 302 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  31.58 
 
 		 294 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 302 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  30.62 
 
 		 302 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.1 
 
 		 301 aa  108  9.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  32.7 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2021  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1642  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0837368  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06260  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 312 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.308123  normal  0.145947 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1217  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.50196  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1625  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.27656 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2306  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.666046  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1349  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000462626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 290 aa  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>