More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3204 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 307 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  56.9 
 
 		 306 aa  318  5e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  55.78 
 
 		 301 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 304 aa  253  4.0000000000000004e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  46.26 
 
 		 307 aa  242  5e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  45.7 
 
 		 307 aa  242  7e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  44.37 
 
 		 296 aa  240  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  44.03 
 
 		 296 aa  240  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  45.92 
 
 		 307 aa  239  4e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 301 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 299 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 299 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 299 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 309 aa  220  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 322 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 322 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  41.86 
 
 		 315 aa  199  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 321 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.92 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 299 aa  188  8e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  40.93 
 
 		 341 aa  182  9.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3401  LysR family transcriptional regulator  45.77 
 
 		 207 aa  166  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.674925  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2659  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 199 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06260  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 312 aa  135  9e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.308123  normal  0.145947 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3018  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.402662  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5348  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0816999  normal  0.420046 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 298 aa  132  9e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4696  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.580635  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0300  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 291 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0195  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 323 aa  129  6e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4922  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 296 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 296 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1776  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 283 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.97 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  35.8 
 
 		 294 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1349  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000462626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1683  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  35.8 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 297 aa  123  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  28.91 
 
 		 307 aa  119  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  31.13 
 
 		 304 aa  119  7e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  31.07 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2290  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000611943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2362  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0454134  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28420  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000459447 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2480  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2153  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.638305 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  30.21 
 
 		 292 aa  116  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 308 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 304 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 297 aa  115  8.999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1933  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0399555 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0137  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>