More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2153 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2153  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.638305 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1875  LysR family transcriptional regulator  84.54 
 
 		 299 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  82.88 
 
 		 304 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2290  LysR family transcriptional regulator  82.88 
 
 		 304 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000611943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2362  LysR family transcriptional regulator  82.88 
 
 		 304 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0454134  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2480  LysR family transcriptional regulator  82.88 
 
 		 304 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2686  LysR family transcriptional regulator  81.97 
 
 		 297 aa  502  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.524728 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  81.51 
 
 		 304 aa  497  1e-140  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  81.51 
 
 		 304 aa  497  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  81.51 
 
 		 304 aa  499  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  82.19 
 
 		 304 aa  498  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  81.16 
 
 		 304 aa  494  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2325  transcriptional regulator, LysR family protein  80.54 
 
 		 309 aa  496  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1933  LysR family transcriptional regulator  80.48 
 
 		 301 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0399555 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  79.79 
 
 		 304 aa  485  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  78.38 
 
 		 309 aa  486  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50160  LysR family transcriptional regulator protein  50 
 
 		 300 aa  298  7e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2465  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 302 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 302 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 302 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  29.79 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 307 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  28.57 
 
 		 299 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 306 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.45 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  30.23 
 
 		 324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 342 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  32.7 
 
 		 359 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 335 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.03 
 
 		 301 aa  119  9e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  31.76 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 300 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1489  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6340  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1907  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1757  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.187879 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1805  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.99 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.524911  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 307 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4846  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.62 
 
 		 306 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2902  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 319 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.374405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2849  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 296 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.794351  normal  0.971286 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 320 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 320 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1776  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 283 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3521  transcriptional regulator, LysR family  29.13 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.81702  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3477  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.496737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.89 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>