More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4539 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  99.67 
 
 		 307 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  98.05 
 
 		 307 aa  610  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  87.3 
 
 		 307 aa  544  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  86.32 
 
 		 307 aa  543  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  84.25 
 
 		 308 aa  498  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  80.87 
 
 		 309 aa  490  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  80.6 
 
 		 303 aa  489  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  80.87 
 
 		 309 aa  490  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  55.86 
 
 		 306 aa  307  2.0000000000000002e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0700  putative transcriptional regulator  59.28 
 
 		 326 aa  300  2e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1789  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  45.61 
 
 		 324 aa  256  5e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 307 aa  248  1e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  40.94 
 
 		 299 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2021  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 299 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  42.51 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 302 aa  234  9e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  42.41 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 301 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 300 aa  233  3e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 300 aa  233  3e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 300 aa  233  3e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 299 aa  231  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1757  transcriptional regulator, LysR family  45.97 
 
 		 310 aa  218  7e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.187879 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  41.18 
 
 		 304 aa  212  7e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  37.42 
 
 		 310 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5255  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.443087  normal  0.0197845 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4464  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 290 aa  168  9e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2089  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2686  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 297 aa  146  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.524728 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1875  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 304 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2592  putative transcriptional regulator  29.57 
 
 		 312 aa  140  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 306 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2325  transcriptional regulator, LysR family protein  31.49 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  31.31 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2290  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000611943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2362  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0454134  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2480  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5474  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.361907  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1933  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0399555 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2153  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.638305 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1027  transcriptional regulator, LysR family  33.19 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.361847  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 320 aa  126  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50160  LysR family transcriptional regulator protein  32.64 
 
 		 300 aa  125  9e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 297 aa  125  9e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 304 aa  122  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 322 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  27.48 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 306 aa  119  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1776  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  32.53 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1614  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1689  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1724  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  32.28 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>