More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_1027 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013422  Hneap_1027  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 294 aa  588  1e-167  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.361847  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  34.03 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1757  transcriptional regulator, LysR family  37.82 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.187879 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  33.73 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 303 aa  135  6.0000000000000005e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 308 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 307 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.19 
 
 		 307 aa  132  9e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 299 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  33.05 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1789  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  31.09 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2021  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  29.39 
 
 		 324 aa  124  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 300 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 300 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  29.88 
 
 		 299 aa  116  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2592  putative transcriptional regulator  28.62 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 303 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0700  putative transcriptional regulator  33.09 
 
 		 326 aa  112  9e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2296  LysR substrate binding domain protein  29.74 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0629525 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2294  LysR substrate binding domain-containing protein  29.74 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0349652 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2193  LysR substrate binding domain protein  29.74 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.453125  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2406  LysR substrate binding domain-containing protein  29.74 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2247  LysR substrate binding domain protein  29.74 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160886  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 309 aa  96.7  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5255  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.443087  normal  0.0197845 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1044  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 309 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2949  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 309 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.666822  hitchhiker  0.000000000477709 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2153  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 309 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1642  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 316 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0837368  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1217  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 309 aa  89.7  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.50196  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2306  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 309 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.666046  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1625  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 309 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.27656 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01918  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.71 
 
 		 309 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.577058  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01904  hypothetical protein  27.71 
 
 		 309 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.444507  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 299 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 299 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 299 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.38 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3283  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.995558 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 313 aa  87.4  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2686  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 297 aa  87  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.524728 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 292 aa  86.7  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2153  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 301 aa  86.7  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.638305 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 304 aa  86.3  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  26.75 
 
 		 315 aa  85.5  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2465  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 298 aa  85.5  9e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 321 aa  85.5  9e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2112  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000406165  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4464  transcriptional regulator, LysR family  26.12 
 
 		 290 aa  85.1  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  25.97 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0923  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.28 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2966  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2823  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2629  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0897024  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  27.64 
 
 		 341 aa  83.2  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  25.3 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.28 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1535  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06260  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 312 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.308123  normal  0.145947 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 304 aa  82  0.000000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1776  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 283 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2841  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0545664  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05788  transcriptional regulator  29.61 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 322 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.15 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000020853  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>